如何使用De Novo測序解析抗體結構？檢測技術服務詳情介紹

De Novo測序，指的是在缺乏任何數據庫參考的前提下，通過高分辨率質譜儀采集到的MS/MS碎片離子數據，直接從dànbáizhì推斷出氨基酸序列。這一技術的關鍵在于將蛋白酶解為大量可覆蓋全序列的短肽段，通過算法解析這些片段的碎片譜圖，并在之后進行序列拼接，從而獲得抗體輕鏈與重鏈的全長序列。與依賴數據庫比對的方法相比，De Novo測序真正實現了從蛋白出發、還原全序列的能力，尤其適用于天然來源抗體、動物免疫抗體、臨床樣本抗體、以及已丟失基因載體的抗體重構等復雜情況。

一、抗體結構解析為何離不開序列信息？

抗體作為功能高度特異的蛋白分子，其一級結構（即氨基酸序列）決定了抗原識別能力、藥理機制、安全性及可開發性。完整解析抗體結構，是抗體藥開發、疫苗研究、功能重構、表達系統優化及一致性驗證等多個環節的基礎。但現實中，科研人員和企業常常面對“僅有蛋白、缺乏基因”的抗體樣本，例如從動物免疫獲得的天然抗體、已丟失表達載體的歷史樣本、臨床樣本中的體液抗體等。在這些情況下，傳統依賴mRNA或參考數據庫的序列獲取方式失效，必須借助質譜驅動的De Novo測序來實現抗體結構的全面解析。

二、De Novo抗體測序的技術流程是怎樣的？

1、抗體樣本制備

需要的是純化后的抗體蛋白（如SDS-PAGE條帶、親和純化產品、濃縮上清）。百泰派克支持樣本前處理，包括Protein A/G富集、除鹽、濃縮等。

2、多酶酶解與肽段制備

使用多種酶（Trypsin、Chymotrypsin、AspN等）進行并行酶解，生成大量重疊肽段，提高覆蓋率。

3、質譜分析（LC-MS/MS）

使用高分辨率質譜儀（如Orbitrap Fusion Lumos）進行MS/MS碎片采集，獲得每個肽段的碎片離子圖譜。

4、De Novo序列推斷與拼接

應用專用算法（如PEAKS、Novor）進行序列識別，并通過拼接邏輯重建出完整的輕鏈和重鏈序列。

5、結構驗證與功能建模（可選）

可進一步進行序列建模、表達驗證或結合位點預測，用于功能分析或抗體工程。

三、解析抗體結構過程中的難點及策略

抗體分子不僅序列較長、結構復雜，關鍵功能區域（如CDR）還具有高度變異性，這對De Novo測序的覆蓋率和準確率提出了jígāo要求。首先，CDR區域由于酶切位點少、空間結構穩定，往往難以被常規酶充分切割，導致數據覆蓋盲區。因此，多酶酶解策略至關重要，它能制造更多重疊片段，從不同角度提升識別能力。其次，抗體輕鏈與重鏈同源性強，容易在拼接過程中發生錯配，需引入結構模板比對與人工審閱機制進行識別。再次，抗體天然存在糖基化、氧化、脫酰胺等翻譯后修飾，這些修飾不僅影響功能，也會導致質譜峰偏移甚至碎片丟失，必須在算法中開啟修飾識別功能并結合人工確認。總的來說，De Novo測序不僅依賴硬件平臺，更依賴酶解設計、數據整合、結構分析與人工復核等系統策略。

四、De Novo解析抗體常見應用場景

百泰派克生物科技：zhuānyèDe Novo抗體測序解決方案

作為質譜驅動的蛋白結構解析服務提供商，百泰派克生物科技建立了一套覆蓋抗體樣本準備、多酶策略設計、高精度質譜分析、自研算法拼接、修飾識別與重組表達驗證的完整流程。我們采用Orbitrap Fusion Lumos平臺，結合五種不同蛋白酶進行并行消化，生成高覆蓋度數據矩陣；在數據處理階段，融合PEAKS與自主算法，并引入人工校核與結構建模機制，有效提升CDR等關鍵區段的解析精度。我們為高校、醫院、生物藥企提供高可信度、高完整度的De Novo抗體結構解析服務，支持：

* 全長抗體序列重建（包含可變區和恒定區）

• CDR高覆蓋率解析與建模

• 修飾位點注釋 + 差異比對分析

• 重組表達模板設計服務

• 同源抗體數據庫比對 + 功能注釋

在交付層面，我們不僅提供完整抗體序列，還可選配抗體建模、重組表達模板構建、以及與原抗體的結構比對報告，滿足不同客戶從科研探索到藥物開發的多層級需求。

在抗體研發日益加速、數據完整性要求日益提升的jīntiān，De Novo抗體測序正在從“gāoduān選項”轉變為“基礎能力”。它不僅解決了無基因序列樣本的結構解析難題，也為抗體藥的一致性驗證、功能重建、zhuānlì設計與表達優化提供了技術支撐。通過高精度的質譜平臺、科學的酶解設計和嚴謹的數據分析，百泰派克生物科技致力于為每一位客戶提供可表達、可驗證、可轉化的抗體序列信息。無論您是科研團隊，還是抗體藥企業，我們都愿意成為您抗體結構解析道路上的可靠伙伴。如您手中已有抗體樣本但缺乏序列信息，歡迎聯系百泰派克，獲取免費樣本評估與定制方案，我們將用zhuānyè與經驗，為您的項目護航。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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