如何提高無標記定量蛋白質組學的數據質量與重復性？檢測技術服務詳情介紹

無標記定量dànbáizhì組學（Label-free Quantitative Proteomics, LFQ）因其樣本準備簡便、適用范圍廣、成本相對較低，成為當前生物醫學研究中的主流定量策略。然而，LFQ數據質量和重復性問題始終是制約其應用深度和可靠性的關鍵因素。在本文中，我們將系統解析影響LFQ數據表現的主要因素，并分享在實驗設計、樣本制備、質譜采集與數據分析各環節優化的方法，助力科學家獲得更高質量、更具可重復性的dànbáizhì組數據。

一、影響無標記定量dànbáizhì組學LFQ數據質量與重復性的主要因素

1、樣本制備的一致性

樣本制備是dànbáizhì組學實驗的基礎。細微的差異，如裂解條件、蛋白定量準確性、酶解效率等，均可引起系統誤差，zuì終影響定量結果。

常見問題包括：

（1）細胞/組織裂解不充分

（2）總蛋白量估算不準

（3）yídànbáiméi酶解不wánquán或過度

（4）污染（如角蛋白）引入

2、質譜儀穩定性與參數設置

無標記定量dànbáizhì組學極度依賴質譜儀在長時間采樣過程中的性能一致性。任何漂移、污染或電離效率變化，都會直接影響定量精度。

關鍵因素包括：

（1）離子源污染、質譜腔體污染

（2）保留時間漂移（尤其在長梯度液相分離中）

（3）分辨率與掃描速度設置不當

（4）數據依賴型采集（DDA）隨機性問題

3、數據分析流程標準化

數據處理流程的不一致（如搜索參數差異、峰面積提取算法不同、歸一化策略不統一）也是導致LFQ數據可重復性差的重要原因。

二、提高LFQ數據質量與重復性的實用策略

1、嚴格標準化樣本制備流程

（1）統一裂解緩沖液和處理時間：如RIPA或SDS裂解，并保持冰浴條件防止蛋白降解。

（2）jīngquè蛋白定量：建議使用BCA法，并在同一批次完成。

（3）控制酶解條件：標準化蛋白酶與底物的比例（如1:50），溫度和時間（如37°C，16小時）。

（4）加強去除污染控制：實驗過程中佩戴手套、使用低蛋白結合耗材。

在百泰派克生物科技，我們在樣本制備環節采用全流程SOP標準，zuì大程度減少人為誤差，確保dànbáizhì前處理的一致性和高效性。

2、優化質譜儀維護與采集參數

（1）定期質譜維護與校準：保持離子源清潔，定期更換質譜腔室氣體過濾器。

（2）穩定液相系統：選擇高穩定性的nanoLC系統，并在梯度前后設清洗步驟，避免柱效下降。

（3）優化DDA采集策略：適度控制Top N選擇數，防止高豐度肽段過度重復采集。

（4）采用內標監測：引入外源標準肽（如iRT標準肽）實時監控系統性能。

百泰派克生物科技配備Thermo Orbitrap Exploris 480與自建質控體系，每次樣本上機前均進行系統預檢測，確保每一次質譜采集的穩定可靠。

3、規范化數據處理與質控流程

（1）統一數據庫搜索參數：固定肽段質量誤差范圍、酶切位點設定、修飾類型等。

（2）采用優良定量算法：如MaxQuant LFQ模塊，結合匹配間隙（Match Between Runs, MBR）功能提升肽段識別率。

（3）多層次質控評估：

* PCA分析評估樣本聚類一致性

• 變異系數（CV）計算篩選穩定蛋白

• 定量結果與生物學背景邏輯交叉驗證

在百泰派克生物科技，所有dànbáizhì組數據處理均由經驗豐富的數據分析師執行，并結合自主開發的多維度質控系統，確保輸出結果的科學性與可重復性。無標記定量dànbáizhì組學以其dútè優勢，已成為揭示疾病機制、探索生物標志物的重要工具。通過在樣本處理、質譜采集與數據分析各環節的精細化控制，可以顯著提升LFQ數據的質量與重復性，為科學研究提供更加堅實的數據支撐。百泰派克生物科技專注于高質量dànbáizhì組學服務，依托國際yìliú質譜平臺與嚴格的質控體系，為您的科研項目提供zhídexìnlài的數據保障。歡迎聯系我們，共同推進科學探索的每一步！

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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