De Novo測序入門：原理、流程與應用檢測技術服務詳情介紹

一、什么是De Novo測序？

De Novo測序（From Scratch Sequencing） 是一種不依賴任何已知參考序列或數據庫，直接從實驗數據中推斷出生物大分子（如蛋白、DNA或RNA）序列的方法。在dànbáizhì組學中，它指的是：利用高分辨率質譜儀采集酶解多肽的MS/MS碎片數據，通過算法分析這些碎片離子，直接還原氨基酸序列，zuì終拼接出完整蛋白的一級結構。

二、De Novo測序的技術原理

De Novo測序的核心依賴質譜平臺，尤其是高分辨率MS/MS技術。具體過程如下：

1、蛋白酶解：將目標蛋白用Trypsin、Chymotrypsin等酶消化為短肽段；

2、MS/MS采集：通過LC-MS/MS采集每個肽段的碎片離子譜圖（b/y離子）；

3、譜圖解析：De Novo算法識別峰值間的質量差，逐個推斷氨基酸；

4、序列拼接：將多個肽段的結果重疊整合，構建完整蛋白序列；

5、人工校核與建模：對關鍵區段進行人工審閱、結構驗證。

該方法的關鍵在于：碎片圖譜質量是否足夠清晰、肽段重疊是否充分、拼接邏輯是否嚴謹，決定了zuì終序列的準確率與覆蓋度。

三、De Novo測序的標準流程

為了獲得高質量的De Novo測序結果，通常包含以下幾個步驟：

1、樣本制備與質量評估

接受多種形式樣本（蛋白溶液、PAGE條帶、上清等），并評估濃度、純度和背景干擾。如有需求，可進行Protein A/G親和純化或切膠處理，確保進入質譜前的樣本處于理想狀態。

2、多酶酶解與肽段富集

采用Trypsin、Chymotrypsin、AspN、LysC等多種酶并行消化，生成高重疊率的肽段集合，特別針對CDR等“結構盲區”提升覆蓋度。

3、高分辨質譜采集

使用Orbitrap Fusion Lumos或timsTOF Pro平臺，采集多輪HCD/CID/ETD碎片譜圖，保證碎片完整性與質量準確度。

4、序列分析與拼接重建

整合PEAKS Studio、pNovo等多個De Novo算法結果，自研拼接工具進行全長序列重建，結合結構數據庫進行片段歸屬識別。

5、結構建模與表達驗證（可選）

提供cDNA反向翻譯、結構預測建模、表達模板構建等后續服務，真正實現“從蛋白到功能”的閉環。

四、De Novo測序的應用

1、無法獲得基因序列的抗體解析

常見于動物免疫抗體、臨床血清抗體、已丟失表達載體的老抗體等。De Novo測序可直接從蛋白還原輕鏈/重鏈結構，用于表達復現或zhuānlì設計。

2、非模式生物蛋白組研究

在中藥材、海洋生物、微生物等研究中，數據庫缺乏或注釋不全，傳統方法無法進行蛋白識別，必須依賴De Novo還原序列。

3、癌癥新抗原與突變蛋白發現

可在不依賴基因信息的前提下識別腫瘤突變體、新融合蛋白，為個體化miǎnyìzhìliáo提供jīngzhǔn靶點。

4、蛋白藥一致性驗證與修飾圖譜分析

比較不同批次、表達系統、工藝條件下蛋白結構是否一致，捕捉細微突變或翻譯后修飾（PTMs）差異。

5、已知蛋白但存在結構異構體

當蛋白本身有糖基化、氧化、剪切異構體等，De Novo測序配合修飾分析可還原真實表達狀態，支持質量控制與功能評價。

在生命科學邁入結構功能深度融合的階段，De Novo測序成為連接蛋白本體與功能應用之間的橋梁。它幫助研究人員突破數據庫限制，從蛋白直接還原全結構信息，推動蛋白研究從“識別”走向“復現”。無論你是想解析一個天然抗體的結構、探索一個未知蛋白的功能，還是為一個蛋白藥尋找“shēnfènzhèng明”，De Novo測序都值得作為你項目的關鍵技術選項。如您正在進行相關課題或項目設計，歡迎聯系百泰派克技術顧問團隊，我們將為您提供zhuānyè的技術咨詢與樣本評估。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質譜的蛋白測序分析服務，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務，對蛋白序列進行分析。

※服務優勢：

1.采用目前世界上優良的質譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質譜平臺結合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學、靶向dànbáizhì組學、多肽組學、翻譯后修飾蛋白組學等多種dànbáizhì組學分析服務。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學服務，助力微量樣本蛋白組學、大樣本群醫學及高通量修飾組學等研究工作。

※服務優勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規模實驗分析，發現新的生物標記物;

2.體內體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質譜分析靈敏度高，實驗結果重復度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學分析，分析更系統準確。

三、單細胞質譜流式技術分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質譜流式系統進行單細胞質譜流式技術分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質量譜，zuì后將原子質量譜數據轉換為細胞表面和內部的信號分子表達量。

※服務優勢：

1.技術優良，*技術空白

采用金屬標記抗體技術，避免了傳統流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數目一般在2x10^4個左右，而流式質譜技術一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現了數量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應用前景大

①流式質譜結果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術與其他技術結合會有新應用方向。除常規蛋白外，質譜流式細胞技術還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現

百泰派克生物科技的基于高精度質譜的免疫多肽組學分析及新抗原發現一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優化的高通量免疫多肽組學分析平臺進行免疫肽組學分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復的識別和定量。該服務可以應用于大規模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質譜技術，MALDI TOF，高效色譜分離技術，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結構分析，到產品變異性和純度分析。旨在提供優質生物藥物分析服務，幫助生物醫藥生產商提高生物藥物品質。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質譜多組學優質服務商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫療器械行業提供質量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規和指導原則，通過CNAS/ISO9001雙重質量體系認證，建立了完備的質量體系，數據冷熱/異地備份，設備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術服務，支持新藥研發、藥物申報注冊和生產放行。

1.公司采用ISO9001質量控制體系，zhuānyè提供以質譜為基礎的CRO檢測分析服務；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規的藥物質量研究服務；

3.業務范圍覆蓋dànbáizhì組學、多肽組學、代謝組學、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質譜流式、生信云分析以及多組學生物質譜整合分析等；

4.七大質量控制檢測平臺，滿足您一站式服務需求；

5.服務3000+企業，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優質的生物質譜分析服務!

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