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基于質譜技術的蛋白質組學在基礎醫學科研領域的應用前景2021/09/07

基于質譜技術的蛋白質組學方法具有的強大蛋白質定性、定量和蛋白翻譯后修飾分析能力，其研究模式與方法已成為蛋白質層面上研究腫瘤學研究的主流方案，并已取得了大量的研究成果。利用差異比較蛋白質組學的方法對不同組別樣品中大量差異表達蛋白進行解析，進而從中選取候選蛋白進行進一步的表達驗證和功能研究，可為深入闡明相關蛋白在特定生理或病理過程中的作用提供研究基礎與思路；借助于大量發掘的蛋白質差異表達數據，還可對信號通路的組成進行系統地描繪與功能研究；利用鑒定蛋白質組學對pulldown或免疫沉淀等方法分離純化的

腫瘤相關蛋白翻譯后修飾研究中的應用2021/09/07

腫瘤發生與發展過程中，除了表達差異，很多蛋白質的功能受到翻譯后修飾的調控。利用蛋白質組學的方法，可對腫瘤相關蛋白質的修飾進行的定量及定性分析，為激酶信號通路、組蛋白修飾等研究提供基礎。Kim等在2013年發表于《PNAS》上的研究，利用磷酸化蛋白組學的方法研究了TANKbindingkinase1(TBK1)促進肺癌細胞存活過程中的磷酸化信號轉導通路。作者共鑒定到了A549細胞裂解液中的2080個磷酸化蛋白質中的4,621個磷酸化肽段,其中385個蛋白質(477個肽段)的磷酸化水平在TNK1敲除

在腫瘤相關蛋白定性研究中的應用2021/09/07

利用shotgun的蛋白組技術，可以實現對復雜樣品中大量蛋白質的定性分析，進而為闡明腫瘤相關蛋白質的相互作用、信號通路組成及蛋白質亞細胞定位提供依據。Dawson等人發表于2011年《Nature》上的研究，利用蛋白組學的方法鑒定了腫瘤發生過程中參與染色質修飾失調的bromodomainａndextraterminal（BET）家族復合物的組成。作者首先分離出細胞核成分，再分別以BET抑制劑、Histonetails及BET抗體為基質，通過免疫沉淀或pulldown的方法分離出BET各蛋白亞型及

在腫瘤相關蛋白定量研究中的應用2021/09/07

利用非標記（2D，Labelfree）及標記（DIGE、SILAC、iTRAQ）定量的蛋白組技術與方法，可以實現對不同樣品中的大量蛋白進行大規模的相對定量研究，進而為相關具體機制的深入闡明提供基礎和思路。癌癥發生機制研究方面，Kikuchi等人利用非標記的Labelfree方法分析了臨床非小細胞肺癌組織與正常肺組織的蛋白質組差異，共鑒定到了3621個蛋白質,并發現其中758個蛋白質在兩組樣本中存在顯著地表達差異。利用生物信息對差異數據進行進一步的分析和篩選，作者選取了其中一些差異表達蛋白進行了進

蛋白質組學生物信息學的作用和影響2021/09/06

蛋白質組學本身是一門大科學，其產生的數據量是十分龐大。如何將大量的蛋白質組學數據進行儲存和加工，使之轉變成可以理解的具有生物學意義的結果比如蛋白質名稱，多肽序列，蛋白質結構，蛋白質差異等；如何使蛋白質組學的研究流程盡可能的符合高通量、自動化的要求；如何深入的挖掘蛋白質組學數據內隱藏的生物學規律，比如蛋白質的亞細胞定位、蛋白質的翻譯后修飾序列和位點信息、跨膜序列分析和信號肽序列分析等已經成為蛋白質組學面臨的重要問題。而這些問題的解決必須要依賴于生物信息學分析手段。生物信息學（Bioinformat

認識蛋白質組學鑒定技術2021/09/06

在蛋白質組學研究流程中，蛋白質鑒定技術是最關鍵的部分。在蛋白質組分離技術方面還有凝膠電泳技術和色譜技術的選擇，而蛋白質鑒定技術方面卻只是生物質譜技術（BioMassSpectrometry）一枝獨苗。質譜技術在二十世紀初就已出現，但一直僅應用于有機小分子領域，直到八十年代才漸漸應用到生物大分子領域。經過二十多年來的應用和發展，質譜技術已是蛋白質組研究中不可少的工具，并成為蛋白質組研究中的主要支撐技術。質譜技術的基本原理是使樣品分子離子化后，根據不同離子間的質荷比（m/z）的差異來分離并確定相對分

【蛋白技術】蛋白標簽TAG是什么高大上的東西？2021/09/03

首先，蛋白標簽（proteintag）是什么？蛋白標簽（proteintag）是指利用DNA體外重組技術，與目的蛋白一起融合表達的一種多肽或者蛋白，以便于目的蛋白的表達、檢測、示蹤和純化等。蛋白標簽大體可分為三大類：遺傳標簽、invivo標簽和invitro標簽。大家最熟悉的莫過于遺傳標簽，即c-Myc、FLAG等：將目的基因克隆到含有標簽的載體上，以便下游通過抗體或熒光檢測。同時，標簽的存在也方便了蛋白純化。下面就介紹幾款常用的tag給大家掃掃盲：名聲在外的Flag-tag:Flag標簽蛋白為

酵母雜交實驗——從一無所知到略知一二2021/09/03

低分文章要想逆襲，實現向高分文章的跳躍，就一定少不了要將細胞豪門中分子間錯綜復雜的關系屢屢清楚。為了找尋能讓自家目的蛋白榮登科研“頭條榜”的“花邊新聞”，一眾科研者可謂是操碎了心。慶幸的是，酵母雙雜交（YeastTwo-Hybrid，Y2H）和酵母單雜交（YeastOne-Hybrid，Y1H）實驗讓蛋白質與其好友（蛋白質、DNA、RNA）的關系在科研者面前變得無所遁形。蛋白釣魚術——酵母雙雜交（YeastTwo-Hybrid，Y2H）通常一個蛋白在本性上可以同時喜歡很多其他的蛋白，但最終還是會

Get到這幾招，方可輕松搞定SDS-PAGE電泳實驗！2021/09/03

SDS-PAGE作為一個老生常談的實驗，早已廣為科研者所知。然而該實驗雖然基礎，但是細節繁瑣，耗時長久，光是配制試劑就要花費2個小時左右。而這還只是Westernblot（WB）的第一步，也使得完成WB實驗將會耗費2天左右的時間。這也難怪科研者們常說，一入WB深似海，從此休閑是路人。不過，實踐出真知，長期在該實驗里跌爬滾打也總結出了若干小技巧，可使大家輕松快捷的完成該實驗。1、未雨綢繆，做好萬全準備常言道，不打無準備之仗，方能立于不敗之地。實驗中種種試劑、抗體等等均是完成實驗這座大廈的基石，如果

【技術】提升蛋白質樣品質量，三招就足夠！2021/09/03

在制備中丟失的蛋白質是永遠不可能在后面的實驗中彌補回來的。蛋白質樣品制備是許多實驗重要的第一步。為什么要進行樣品的制備？電泳的目的不就是分離嗎？剛剛接觸時有這樣的疑問。然并卵，由于雙向電泳一般只能分辨到1000-3000個蛋白質點，而樣品蛋白質的種類可是高達10萬種以上，因此樣品的預分離制備是必須的。下面就來講講分離制備蛋白樣品時，你必須知道的那三件事。1.選對酶抑制劑，避免蛋白質降解牢記最小限度的減少蛋白水解和其它形式的蛋白降解是制備樣品的第一步，這一步看似簡單，但是操作中一旦方法不當，就有可

真核細胞轉染操作方法2021/09/03

一些真核蛋白在原核宿主細胞中的表達不但行之有效而且成本低廉，然而許多在細菌中合成的真核蛋白或因折疊方式不正確，或因折疊效率低下，結果使得蛋白活性低或無活性。不僅如此，真核生物蛋白的活性往往需要翻譯后加工，例如二硫鍵的精確形成、糖基化、磷酸化、寡聚體的形成或者由特異性蛋白酶進行的裂解等等，而這些加工原核細胞則無能為力。需要表達具有生物學功能的膜蛋白或分泌性蛋白，例如位于細胞膜表面的受體或細胞外的激素和酶，則更需要使用真核轉染技術。由于DNA導入哺乳動物細胞有關技術方法的發展，使真核表達成為可能。利

細胞轉染操作方法及各方法比較2021/09/02

轉染，是將外源性基因導入細胞內的一種專門技術。隨著基因與蛋白功能研究的深入，轉染目前已成為實驗室工作中經常涉及的基本方法。轉染大致可分為物理介導、化學介導和生物介導三類途徑。電穿孔法、顯微注射和基因槍屬于通過物理方法將基因導入細胞的范例；化學介導方法很多，如經典的磷酸鈣共沉淀法、脂質體轉染方法、和多種陽離子物質介導的技術；生物介導方法，有較為原始的原生質體轉染，和現在比較多見的各種病毒介導的轉染技術。理想細胞轉染方法，應該具有轉染效率高、細胞毒性小等優點。病毒介導的轉染技術，是目前轉染效率高的方

尋找轉錄因子與基因啟動子的結合點2021/09/02

經過EMSA、DNase1足跡實驗、甲基化干擾實驗、體內足跡實驗、Chip-on-chip等方式，終于落實了轉錄因子跟基因的關系，繼續探索轉錄因子跟該基因的啟動子的結合位點在哪里？第一步，要確定到啟動子在哪？（怎么確定啟動子？一般查閱外文文獻，老外把從轉錄起始位點開始上溯2K－3K的區間算做是啟動子。）第二步，就是要確定具體的結合位點序列？（啟動子這么長，怎么知道具體的結合位點序列？）如何預測轉錄因子跟基因啟動子結合位點在哪里？干貨來了，看這里了（敲黑板?。?、以轉錄因子Nf-KB和Ankh基因

關于lncRNA，你必須知道的秘密（內附彩蛋）2021/09/02

lncRNA一開始被認為是由RNA聚合酶II轉錄形成的轉錄副產物，并沒有生物學功能，只是一種轉錄噪音（遺傳噪音）。然后，現在越來越多的研究發現lncRNA有及其重要的生理功能，這些功能包括：遺傳印記（geneticimprinting）、基因組重排（genomerearrangement）、染色質修飾（chromatinmodification）、細胞周期調控、轉錄、剪切、mRNA降解及蛋白的翻譯。研究發現，數以千計的lncRNA參與調控了哺乳動物的基因調控。很多關于lncRNA調控基因的機制研

IncRNA系列：lncRNA的生物學功能介紹2021/09/02

（一）lncRNA對于細胞周期及凋亡的調控作用有研究報道，lncRNA可以通過調節細胞周期和凋亡的方式，來影響細胞的增殖。例如，Gas5（growtharrest-specific5，非編碼RNA）在細胞周期阻滯的細胞內大量集聚。其發揮作用的機制是抑制對于糖皮質激素敏感的基因表達，使得細胞發生凋亡。Gas5能與糖皮質激素受體上的“糖皮質激素反應元件”（glucocorticoidresponseelement，GRE，該反應元件位于糖皮質激素受體的DNA結合結構域內）相結合，通過競爭性抑制的方式

【專欄】一文總結LncRNA研究思路2021/09/02

lncRNA參與了X染色體沉默，基因組印記以及染色質修飾，轉錄激活，轉錄干擾，核內運輸等多種重要的調控過程，很多人看到lncRNA的熱點還沒有過去，經常會問如果沒有相關的工作基礎，如何開始lncRNA的研究?今天我們就褪去虛偽假衣，研究的大方向是這樣子的：1.尋找到lncRNA分子2.lncRNA分子表型研究3.lncRNA通過何種機制調節表型？將這些研究方向及實驗手段按層次的方式繪成流程圖，如下所示：首先，是樣本的準備與收集，高質量的樣本是實驗結果具有可靠性的前提。其次，是lncRNA檢測，可

詳解miRNA的誕生之旅2021/09/01

miRNA是由內源性發卡結構轉錄產物衍生而來的一種長為19-25nt左右的單鏈RNA。第一，miRNA基因最先被RNApolymeraseII轉錄生成5'蓋帽和3‘加尾的初級轉錄體，稱為pri-miRNA，長度約為300-1000bp。第二，經RNaseIIIenzymeDrosha和DGCR8剪切生成由70個核苷酸組成的不*的發卡結構，并且在3‘端末端具有2個核苷的懸垂，此末端則為成熟的miRNA的末端，上面有一些凸起和環狀結構，稱為pre-miRNA。DGCR8是屬于Pasha蛋白家族的。該

【科研熱點】腫瘤中的 miRNA（一）2021/09/01

雖然miRNA的研究已經沒有前幾年那么熱門了，但是任誰都無法否認腫瘤細胞中的miRNAs在腫瘤發生、發展及轉移中起到的重要作用。因此，選擇miRNA作為切入點，是希望對過往在miRNA研究領域內的發現，做一次梳理。第一個miRNA是在1993年被發現的。當時兩項獨立的研究發現，在線蟲（Caenorhabditiselegans）中有個基因lin-4是一個非編碼的RNA（noncodingRNA,ncRNA）。在當時，由于認知的局限性，這個非編碼的RNA被認為是線蟲中的一種特殊的調控工具，被線蟲用

【科研熱點】腫瘤中的miRNA（二）2021/09/01

miRNAs是一類由發卡結構的轉錄物而形成的短的單鏈非編碼RNA，長度一般在19-25個nt。miRNA發揮作用的方式是通過和編碼蛋白的mRNA的3‘UTR區域進行互補結合，從而抑制mRNA的翻譯或者直接導致mRNA的降解，起到一個負向調控基因表達的效果。通過計算機模擬計算，研究人員發現單個miRNA平均可以抑制超過100個mRNA的表達（或者降解）。目前在人類中發現的miRNA超過2000個，從理論上而言，miRNAs總共可以抑制超過20萬個mRNA，由于miRNA的下游靶基因在一定程度上具有

基因研究，我該拿你怎么辦？2021/09/01

有時候小伙伴們拿到一個Gene-A，可能是芯片篩查的結果，可能是導師拍腦袋的結果，這個A很低調，被人研究的頗少，作為一個基礎研究的新手，簡直一頭霧水！凡是都有規律可循。如果你文獻看的沒有那么多，腦洞未開，下面的保守方法可以適合你進行初步的嘗試。但是要提醒小伙伴們不時的追蹤一下文獻研究進展，更多的時候不是為了知道某個分子或者某個領域研究的最新情況，這些對于基層科研人員的意義并不是很大；而是為了發散自己的思維，提煉別人的研究設計思路！下面這幾步，對于剛剛上手實驗的小伙伴來說，應該有所幫助。1.確定A