有時候小伙伴們拿到一個 Gene-A,可能是芯片篩查的結果,可能是導師拍腦袋的結果,這個 A 很低調(diào),被人研究的頗少,作為一個基礎研究的新手,簡直一頭霧水!
凡是都有規(guī)律可循。如果你文獻看的沒有那么多,腦洞未開,下面的保守方法可以適合你進行初步的嘗試。但是要提醒小伙伴們不時的追蹤一下文獻研究進展,更多的時候不是為了知道某個分子或者某個領域研究的最新情況,這些對于基層科研人員的意義并不是很大;而是為了發(fā)散自己的思維,提煉別人的研究設計思路!
下面這幾步,對于剛剛上手實驗的小伙伴來說,應該有所幫助。
1.確定 A 研究的價值,即臨床組織樣本/相關細胞系中有沒有差異性表達
腫瘤組織樣本 | → ↘ | 分析A在臨床組織中的表達是否與腫瘤進展程度或者例如大小、轉(zhuǎn)移灶、預后等相關 |
腫瘤細胞系 | → | 分析A在臨床癌組織、腫瘤細胞系中的表達對比癌旁組織和正常細胞系是否差異表達 |
2. 確定 A 能夠?qū)δ骋患毎硇彤a(chǎn)生一定的影響
shRNA慢病毒干擾載體 | ↘ → → ↗ | 可 能 用 到 的 載 體 手 段 | 敲除/過表達A | ↗ → → → ↘ | 細胞增殖 |
過表達載體 | 細胞凋亡 | ||||
突變載體 | 細胞周期 | ||||
敲除載體 | 細胞運動 | ||||
細胞侵襲 |
3. 確定 A 能夠?qū)π∈蟮哪[瘤形成的作用是否與上一步較為一致。
選擇動物模型進行功能驗證,一般選擇裸鼠進行成瘤實驗 裸鼠種植瘤需注意: ●腫瘤細胞的狀態(tài) ●細胞的數(shù)量:每只注射2×106-107 ●裸鼠的選擇:5-8周齡 ●種植部位:血供豐富區(qū)域,如腋窩中后部、腹股溝中上部。 |
4. 找出 A 的作用機制
Microarray/pathway array/相關芯片分析A影響下游基因的mRNA/通路/蛋白表達變化 qRT-PRC、Western blot 驗證 驗證A調(diào)控B/C/D的特異性 ▍ 結合增殖、周期、凋亡、遷移和侵襲等表型 |
另外還可以同步研究一下 A 本身是否受到甲基化或者乙酰化等表觀遺傳調(diào)控。
這樣是否簡單易懂呢?小伙伴們不妨針對自己的某基因研究,做出一個類似的技術路線圖,做完一步劃掉一步。那些表型也不是都做的,要看文獻或者自己分析一下你研究的基因 A 是否跟一些例如增殖相關基因或者周期相關基因等有聯(lián)系,或者涉及到某些明星通路等。
以上為常規(guī)手段,可為基礎薄弱的小伙伴尋求大方向。如果想要高大上的研究設計,每步還請自行查閱文獻加以創(chuàng)新。
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