單細胞分離確保了分析結果的高精度
單細胞分離是一種從待分離的材料中直接分離單個細胞進行培養獲得純培養的方法。該法在顯微鏡下操作，對于體積較大的微生物，可以用毛細管提取微生物個體；對較小的細胞或孢子，可以用顯微針、鉤、環等挑取以獲得單細胞；也可將適當稀釋后的樣品制成小液滴，在顯微鏡下選取只含有一個細胞的液滴培養。
對于較大的微生物，可采用毛細管提取單個個體，并在大量的滅菌培養基中轉移清洗幾次，除去較小微生物的污染，這項操作可在低倍顯微鏡，如解剖顯微鏡下進行。對于個體相對較小的微生物，單細胞分離采用顯微操作儀，在顯微鏡下進行。目前，市場上有售的顯微操作儀種類很多，一般是通過機械、空氣或油壓傳動裝置來減小手的動作幅度，在顯微鏡下用毛細管或顯微針、鉤、環等挑取單個微生物細胞或孢子以獲得純培養。
在沒有顯微操作儀時，也可采用一些變通的方法在顯微鏡下進行單細胞分離，例如，將經適當稀釋后的樣品制備成小液滴在顯微鏡下觀察，選取只含一個細胞的液滴進行培養以獲得純培養。單細胞分離法對操作技術有比較高的要求，限于高度專業化的科學研究中采用。
在目前的研究中，單細胞分離的手段主要是通過將細胞懸浮后做高通量篩選。其中主要使用的是流式細胞熒光分選技術或者免疫磁性細胞分選法，這兩種方法在臨床上目前均廣泛應于細胞篩選，然而這兩種方法均需要使用相當大量數量的細胞，一般在105-106數量級上。然而很多研究中，培養出的細胞不太容易達到這個數量級，而在少量細胞分選中，這兩種方法均面臨著挑戰。
微流控芯片技術的出現讓少量單細胞分離有了新的選擇，該方法主要通過熒光、磁力、流體動力流、聲光電泳、介電泳粘附等性質進行分離。這種方法往往需要較低的細胞濃度來實現單細胞分離，因此在分離過程中需要嚴格控制進入微流控芯片中的細胞量。
