3 min一步完成rRNA去除，等你來盤！
近年來， RNA二代測序技術成為生命進展和疾病診斷等領域的重要研究手段。但是，不同來源的樣本中的RNA種類占比具有極大的不均一性，如正常細胞中核糖體rRNA約占總RNA的90%-95%，而血液中珠蛋白的mRNA約占總mRNA的76%以上，這些RNA的存在占據了大部分的測序數據，嚴重影響低豐度RNA的檢測，提高了測序成本。rRNA以及Globin的去除，對于實現RNA經濟高效的測序至關重要。
對于原核生物以及一些低質量的樣本如FFPE來說，不適用于oligo-dT磁珠的回收富集，因而基于RNase H消化去除的方法也被廣泛接受，但是整體流程相對復雜，全流程耗時約1-2 h左右，操作共需要30多步，時間更長，操作也更復雜。翌圣生物自主研發的一步法靶RNA快速去除技術可以在RNA建庫過程中快速去除不需要的rRNA和珠蛋白mRNA，整個過程只需要3 min，一步操作。產品包括Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit（一步法快速rRNA去除試劑盒）和Hieff NGS® One-Step Globin RNA Removal Kit（一步法快速珠蛋白RNA去除試劑盒）。一步法靶向RNA去除快速技術的原理是利用強結合能力的逆轉錄阻礙探針優先封閉靶RNA，阻止逆轉錄酶通過逆轉錄阻礙探針鎖定的靶RNA位點，從而達到在逆轉錄過程中去除靶RNA的目的。相較于傳統RNA富集方法，一步法rRNA去除試劑具有以下優點，極大簡化了操作流程和提高了建庫效率：不同Input RNA的293T細胞采用一步法rRNA去除試劑盒進行去除，隨后采用翌圣RNA建庫試劑盒進行文庫構建（Cat#12252），分析結果顯示一步法rRNA去除試劑盒能高效完成rRNA的去除。圖4. 不同起始量RNA樣本中rRNA去除效率對比
注：為了獲得更好的建庫產量，建議1-100ng RNA投入量使用Cat#12259，100-1000ng RNA投入量使用Cat#12258。2. 不同質量FFPE RNA樣本中rRNA去除效率對比
不同質量度的FFPE樣本采用一步法rRNA去除試劑盒進行去除，隨后采用翌圣RNA建庫試劑盒進行文庫構建（Cat#12252），分析結果顯示一步法rRNA去除試劑盒能高效完成rRNA的去除。
圖5. 不同質量度RNA樣本去除效率對比；左（DV200=70%）, 中（DV200=43%），右（DV200=12%）
注：DV200 表示大于 200 個核苷酸的 RNA 片段占所有 RNA 片段的百分比。翌圣生物逆轉錄阻礙探針法獲得了國家知識產權局的發明授權。任何在逆轉錄過程中利用逆轉錄阻礙探針混合物去除靶RNA的方法都應屬于本的保護范圍。
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| Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit (100-1000ng ) | | |
| Hieff NGS® One-Step rRNA Removal Kit (1-100 ng) | | |
| Hieff NGS® One-Step Globin mRNA Removal Kit (Human) | | |
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