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PCR技術專題:限制性片段長度多態性(RFLP)分析

2013-11-20  閱讀(1358)

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本實驗將應用RFLP 分析技術檢測NMDA 受體中的GRIN2A 亞基基因3 號內含子中的2 個SNP 位點rs17750303(A→C)和rs837690(A→G)。

[實驗原理]

DNA 限制性內切酶具有識別特定的DNA 序列并在特定的部位切斷DNA 雙鏈的活性功能,DNA分子由于突變(核苷酸的置換、插入或缺失)改變(或形成)了限制性內切酶識別序列,使DNA 限制性內切酶不能(或可以)將靶DN段切斷,電泳檢測時,存在相應DNA 限制性內切酶識別序列者原DNA 片段變成短片段;不存在相應DNA 限制性內切酶識別序列者原DNA 片段長度將不發生變化。

[實驗器材]

PCR 擴增儀、電泳儀、電泳槽、微波爐、恒溫箱或恒溫水浴等。

[實驗試劑]

限制性內切酶BstNI、模板DNA、Taq聚合酶、PCR引物(上游引物:5-CTAAGCCTTCCCTTTATCACC-3’;下游引物:5-TTCACAGTCGTGCTTGTTTCT-3’)、丙烯酰胺、酶消化緩沖液、電極緩沖液、上樣緩沖液等。

[實驗方法]

1.PCR擴增:PCR反應體系為20μl,含模板2μl(約50ng),引物各1.6μl,dNTP1.6μl(0.4mM),10×Buffer緩沖液2μl,Taq酶0.5U,加雙蒸水至20.0μl;PCR反應條件為95℃2min,94℃30sec/64℃30sec/72℃30sec(5個循環),94℃30sec/63℃30sec/72℃30sec(5個循環),94℃30sec/60℃30sec/72℃25sec(23個循環),94℃30sec/60℃30sec/72℃1min。

2.PCR 擴增產物的檢測:取PCR 擴增產物2μl,以1%的瓊脂糖凝膠潛水電泳法檢測靶DNA 片段的擴增產物。

3.酶消化反應:取PCR 產物約2.0μl,加限制性內切酶BstN I1U,10×酶消化反應緩沖液1.0μl,蒸溜水補至10.0μl 置試驗管中。37℃溫箱中孵育4h。

4.酶切產物電泳分型:6%聚丙烯酰胺凝膠電泳(T=6%,C=3.3%,凝膠規格為82mm×64mm×0.75mm)。電極緩沖液為1×TBE。將加有1/5體積上樣緩沖液的酶切產物電泳,220 v 電壓,電泳2-3h。

5.銀染顯色將凝膠剝離至染色盤中,用10%冰醋酸固定30min,去除固定液,用蒸餾水沖洗凝膠3 次(2min以內)。將0.1%硝酸銀溶液200ml 倒入染色盤中,染色30min,倒掉染色液,蒸餾水快速沖洗凝膠1 次(20s以內)。顯色液200ml(3% Na2CO3,含0.05%甲醛,2‰Na2S2O3)倒入染色盤中,不斷震蕩,直至譜帶顯示清晰。用固定液終止顯色。蒸餾水洗滌一次,貼于濾紙上晾干保存。

[結果判定]

本實驗PCR 產物長度為379bp,rs17750303 位點位于140bp 處,為A/C突變。rs837690 位點位于175bp處,為AG 突變。兩個位點均為BstN I 酶識別部位,酶切后可以產生1-4(6 種)個DNA 片斷,根據酶切片段數量與長度可出現10 種譜型(基因型組)見下表。

 

根據酶切片段數量與長度確定rs17750303-rs837690 位點基因型組合

GRIN2A 基因rs17750303 與rs837690 位點的RFLP 電泳譜型

1.DNA 長度標準品;2.PCR 擴增產物;3.AA-AA 型;4.C

 

C-AG 型;5.AC-AA型,;6.AC-GG 型,;7.CC-AA型;8.CC-GG 型;9.AA-GG 型;10.CA-AG 型。

[實驗討論]

1.注意事項 ①靶片段的擴增產物要純,如有非特異產物(特別是大片段可能含有酶識別序列)將競爭酶活性,使樣品消化不*或及出現酶消化雜帶;②酶消化過程要充分(即底物與酶的比例要合適,消化時間要保證),避免假陰性結果;③酶切陽性結果可以確定所檢測具體序列,陰性結果僅可說明非酶識別序列,但不能準確判定具體序列。④酶識別序列如有甲基化之核苷酸將不被切割。

 

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