5hmC是新發現的一種的修飾堿基，由TET家族的酶通過氧化5mC產生的。5hmC不僅能夠降低MeCP蛋白的甲基化結合結構域(MBD) 與甲基化DNA的親和性，具有潛在的參與基因表達調控的轉錄調節功能，而且參與了DNA去甲基化過程。

羥甲基化DNA免疫沉淀測序（Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation Sequencing，hMeDIP-Seq）是通過運用5'-羥甲基胞嘧啶特異性抗體富集羥甲基化的DNA pian段，然后結合高通量測序技術在全基因組水平上以較小的數據量，快速、高效地尋找羥甲基化區域。可廣泛應用于羥甲基化與疾病關系研究以及羥甲基化在胚胎發育過程中的研究。

技術優勢：

1、檢測范圍廣：全基因組范圍鑒定甲基化修飾區域；

2、針對性強：針對性檢測基因組內具有甲基化修飾的區域；

3、成本低：大大降低了測序數據量，測序成本低。

實驗策略：

信息分析：

技術參數：

研究案例：

小鼠胚胎干細胞的羥甲基化研究

Wu H,et al. Genome-wide analysis of 5-hydroxymethylcytosine distribution reveals its dual function in tranｓcriptional regulation in mouse embryonic stem cells. Genes Dev. 2011 Apr 1;25(7):679-84.

1、背景：研究證實TET家族蛋白可以催化5mC轉化為5hmC。5mC已經被廣泛研究，但對5hmC的分布和功能知道的還很少。

2、方法：利用hMeDIP-seq測序技術對小鼠胚胎干細胞的wild-type和Tet1-depleted type的5hmC進行研究。

3、結論：5hmC在轉錄活性高的基因的gene bodies區域和受到Polycomb抑制的發育調節因子的啟動子區域；5hmC可能在基因表達調控中起著激活和抑制的雙重功能。

5hmC在全基因組的分布