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二手液質聯用儀除了可以分析氣相色譜-質譜（GC-MS）所不能分析的強極性、難揮發、熱不穩定性的化合物之外，還具有以下幾個方面的優點：
①分析范圍廣，MS幾乎可以檢測所有的化合物，比較容易地解決了分析熱不穩定化合物的難題；
②分離能力強，即使被分析混合物在色譜上沒有*分離開，但通過MS的特征離子質量色譜圖也能分別給出它們各自的色譜圖來進行定性定量；
③定性分析結果可靠，可以同時給出每一個組分的分子量和豐富的結構信息；
④檢測限低，MS具備高靈敏度，通過選擇離子檢測（SIM）方式，其檢測能力還可以提高一個數量級以上；
⑤分析時間快，HPLC-MS使用的液相色譜柱為窄徑柱，縮短了分析時間，提高了分離效果；
⑥自動化程度高，HPLC-MS具有高度的自動化。
質譜技術進展及其在中藥領域的應用
液質聯用分析方法的建立：檢查已有的色譜條件是否可以離子化、考慮用何種源、決定用正離子還是負離子、改用揮發性流動相或分離模式、優化離子源參數提高靈敏度、質譜不能檢測沒有離子化的物質。
二手液質聯用儀提供的信息：
（1）提供分子量，確定分子式：采用同位素豐度法或高分辨質譜求算分子式。
（2）提供化合物的結構信息：根據分子離子峰及裂解碎片推斷官能團、辨認化合物類型和推導骨架結構等。
（3）復雜混合物的定性定量分析：GC-MS法分析揮發油的化學組成，化合物的裂解在一定的條件下遵循一定的規律，故比較試樣與標準品的質譜圖，可為鑒定是否為同一化合物提供依據。隨著新的離子源不斷出現，LC-MS法在結構研究方面發揮的作用越來越大，而且更加方便快捷。
二手液質聯用儀質量分析器：靜態儀器有單聚焦磁質譜、雙聚焦磁質譜；動態儀器有四極桿質譜、離子阱質譜、飛行時間質譜等。
（1）四極桿質譜：體積小，質量輕，價格低，使用；掃描速度快，適合與色譜連用，定量方面有優勢。但只能做到二級質譜（三重四極桿串聯質譜）。
（2）離子阱質量分析器：當射頻電壓的zui高值逐漸增高時，質荷比從小到大的離子逐次排除并被記錄而獲得質譜圖。離子阱質譜可以很方便地進行多級質譜定性分析，性能好，在剖析物質結構、藥物代謝物研究等方面具有zui強大的功能。
（3）飛行時間質量分析器：離子質量越大，到達接收器所用時間越長，離子質量越小，到達接收器所用時間越短，根據這一原理把不同質量的離子按m/z值大小進行分離。可檢測的分子量范圍大，掃描速度快，儀器結構簡單。
（4）高分辨質譜：生物質譜要求質量分析器的測定范圍高于普通的有機質譜，多用TOF。離子源常用ESI源和MALDI源（基質輔助激光解吸電離）。（5）靜電軌道阱質譜：屬于高分辨質譜。此外，分辨率即分開相鄰離子的能力，分辨率越高，越能區分小的質量差。
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