1、流動相含有鹽分時，做完實驗后一定要進行流路沖洗；
　　首先用水沖洗，打開排液閥用PURG鍵轉換出原有含鹽的流動相，然后關閉排液閥打開泵沖洗全部流路45分鐘以上，如此更換流動相為水和甲醇混合液沖洗全部流路30分鐘（此步驟一般可省去，根據(jù)實驗而論），zui后更換純甲醇沖洗全部流路45分鐘以上。
2、泵頭沖洗；
　　用備件中的針頭和針管分別用蒸餾水和純甲醇沖洗3-5ml。
　　如流動相不含鹽，可對機器定期進行簡單的沖洗維護，根據(jù)實驗多少而定。
3、進樣器沖洗；
　同樣用備件中的針管和沖洗針頭對手動進樣器的裝載狀態(tài)和進樣狀態(tài)分別進行沖洗3-4ml的蒸餾水，然后再沖洗3-4ml的純甲醇。
4、C18柱不能進蛋白樣品、血樣，生物樣品。
        要注意柱子的PH值范圍，不得注射強酸強堿的樣品，特別是堿性樣品。
　　長時間不用儀器，應該將柱子取下用堵頭封好保存，注意不能用純水保存柱子，而應該用有機相（如甲醇）保存，因為純水易長霉。
5、流路堵塞問題
　堵塞導致壓力太大，按預柱→混合器中的過濾器→管路過濾器→單向閥檢查，并清洗。
清洗方法：
①以丙醇作溶劑沖洗
②放在異丙醇中超聲波清洗
③用10%稀硝酸清洗。