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通常情況下不建議清洗氣相色譜儀（澤銘色譜儀）色譜柱，除非嚴重污染，經老化效果不明顯情況下可以對鍵合交聯固定相的毛細管色譜柱進行。
清洗色譜柱可采用色譜柱沖洗裝置把溶劑注入色譜柱，該裝置接有一個有壓力的氣源上（氦氣或氮氣），并把色譜柱插到沖洗裝置中，把溶劑加入樣品瓶里，往溶劑瓶中施加壓力，把溶劑壓到毛細管色譜柱里，殘留物溶解到溶劑中，然后用溶劑把它反吹譜柱，再用容積吹掃色譜柱，并把色譜柱進行適當的老化處理。
在沖洗色譜柱之前，把它切去半米（即靠近進樣口一端），把連接檢測器的一端插入溶劑沖洗裝置，常使用多種溶劑沖洗色譜柱，后面繼續使用的溶劑必須要和前一種溶劑互溶，一定不要使用高沸點溶劑，特別是后使用的溶劑，溶解樣品的溶劑常常是佳的選擇。
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