氨基酸分析儀的測定原理是利用樣品各種氨基酸組分的結構不同、酸堿性、極性及分子大小不同，在陽離子交換柱上將它們分離，采用不同pH值離子濃度的緩沖液將各氨基酸組分依次洗脫下來，再逐個以另*路的茚三酮試劑混合，然后共同流至螺旋反應管中，于一定溫度下（通常為115～120℃）進行顯色反應，形成在570nm有zui大吸收的藍紫色產物。其中的羥脯氨酸與茚三酮反應生成黃色產物，其zui大吸收在440nm。

氨基酸分析儀的應用廣泛，例如：
（一）醫學上的應用
1.氨基酸代謝異常角度闡述了氨基酸與肝性腦病的關系；

2.血清中11種游離氨基酸的降低可直接影響人體組織的正常發育、生長；

3.必需氨基酸在創傷愈合中的關系；

4. 腫瘤組織氨基酸代謝的變化規律；
（二）飼料上的應用
1.質量控制各種飼料必需氨基酸的含量和它們之間的比例必須恰當，測定原料和產品中的氨基酸含量，以達到保證質量的目的；

2.真偽鑒別魚粉氨基酸組成特點是賴氨酸、蛋氨酸含量高，氨基酸分析結果很容易就可以辨別真偽；

（三）農業、食品、飲料及其它

1.對玉米、大豆、小麥等農作物的氨基酸含量進行檢測；

2.對果汁、飲料進行真偽的鑒別；

3.檢驗測定茶氨酸來鑒別真偽茶葉；

4.對醬油級別的認定。