在顯微鏡下，由于某些物質的光學特性，普通正置顯微鏡不能看清楚其內部結構，而其擁有另外一種特性，比如細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，利用這種物質的光學特性，研發出了專業的顯微顯示設備，即熒光顯微鏡。熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具。熒光顯微鏡的準確定義是指選擇由高壓汞燈或類似光源發出的一定波長的激發光，激發細胞中某些被熒光染料標記的物質發射熒光，觀察細胞某種特異成分的分布狀態的顯微鏡。也可進行半定量測定。熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。

顯微鏡照明光路系統的調整是為了使顯微鏡的視野能受到均勻而又充分的照明，在顯微鏡初次安裝和調試時，就必須把照明光路系統調整好，這是正確使用顯微鏡，并獲得正確、可靠結果的重要手段和zui基本的要求。此外，正確掌握照明光路系統的調整，是使用顯微鏡過程中更換光源燈泡后所必經的步驟，也是在日常使用過程中不時地檢驗顯微鏡性能的必要手段。熒光顯微鏡和普通顯微鏡有以下的區別：

　　1.照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上；

　　2.光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡；

　　3.有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人目。

　　熒光顯微鏡也是光學顯微鏡的一種，主要的區別是二者的激發波長不同。由此決定了熒光顯微鏡與普通光學顯微鏡結構和使用方法上的不同。

　　熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。它是由光源、濾板系統和光學系統等主要部件組成。是利用一定波長的光激發標本發射熒光，通過物鏡和目鏡系統放大以觀察標本的熒光圖像。其被廣泛的運用在生物學、醫藥研究領域。