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取樣的質量對沙眼衣原體的檢測極為重要。沙眼衣原體的檢測質量有賴于準確的樣品收集技術，應使樣品中含有大量的細胞成分而不只是體液。
宮頸樣品：
1. 使用消毒宮頸拭子，或消毒的亞麻、滌綸拭子。在取樣前用另外的拭子或棉球將宮頸口外區域的黏液抹去，將取樣拭子插入宮頸管內通過鱗柱狀上皮交界處，直到幾乎拭子頭已看不到。旋轉拭子15-20秒鐘取出，不要碰到宮頸外及陰道壁。這樣能保證得到更多的柱狀上皮細胞，而沙眼衣原體主要寄生在柱狀上皮細胞中。
2. 宮頸樣品也可用細胞刷（未提供）收集（注意：孕婦不可用此方法）。清潔宮頸口外后，將細胞刷插入宮頸管，通過鱗柱狀上皮細胞交界處，停留2-3秒鐘，旋轉細胞刷兩圈后取出，注意不要碰到陰道壁。
3. 如果檢測可以即刻進行，將取樣后的拭子放入樣品處理管中。
男性尿道樣品：
尿道用拭子或細胞刷（未提供）可用于尿道取樣。病人在取樣前至少1小時內不要小便。
將拭子或細胞刷插入尿道2-4厘米，旋轉3-5秒鐘后取出。如果檢測可以即刻進行，將取樣后的拭子放入樣品處理管中。
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