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離子色譜儀憑借其高靈敏度、高選擇性和高分辨率，成為水質污染物精準檢測與污染源追蹤的核心工具。在水質監測中，離子色譜儀可快速、準確地測定水體中的多種離子物質，包括重金屬離子（如鉛、鎘、汞、鉻等）、陰離子（如氯離子、硝酸鹽、磷酸根離子、硫酸根離子、氟離子等）以及陽離子（如鈉離子、銨離子、鉀離子、鈣離子、鎂離子等）。這些離子物質的含量是評估水質污染程度和水體健康狀況的重要指標。
在河流、湖泊等水體的水質監測中，離子色譜儀能夠快速測定水中的硝酸鹽、硫酸鹽等污染物質，從而及時發現污染源并采取相應的治理措施。例如，通過監測水體中氮磷等營養鹽的含量，可以判斷水體是否存在富營養化風險，為水資源的保護和合理利用提供技術支持。在地下水監測中，離子色譜儀能夠敏銳地發現潛在的有害物質，如重金屬離子和有機污染物，為地下水污染防治提供有力依據。
離子色譜儀在污染源追蹤方面也發揮著重要作用。通過對比不同采樣點的離子濃度和種類，可以分析污染物的遷移路徑和擴散范圍，從而鎖定污染源。例如，在霧霾天氣的監測中，離子色譜儀可以快速測定大氣中的顆粒物中的離子成分，如硝酸鹽、硫酸鹽等，這些物質是大氣污染的重要來源，通過分析其濃度和變化趨勢，可以判斷霧霾的來源和性質，為制定有效的霧霾治理措施提供數據支撐。
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