原代細胞和傳代細胞在基因表達方面存在顯著差異，這主要體現在幾個關鍵點上：

1. 基因表達模式的保持性：

    原代細胞：由于它們直接從生物體中分離出來，因此在基因表達模式上更接近體內情況。它們保留了原始的基因組結構和表達譜，能夠反映細胞在體內的真實狀態。

    傳代細胞：隨著傳代次數的增加，細胞可能會發生基因表達模式的變化。長期培養可能導致基因表達的不穩定性和突變，尤其是在50代之后，細胞可能會出現癌變特征，進一步改變其基因表達譜。

2. 基因表達的可變性：

    原代細胞：不同個體或組織來源的原代細胞之間存在基因表達的差異，這種多樣性反映了體內細胞的復雜性和異質性。

    傳代細胞：盡管傳代細胞在某種程度上可以保持穩定的基因表達，但它們的表達譜可能因長期培養而發生變化，且不同實驗室之間的傳代細胞可能存在顯著差異。

3. 實驗結果的可靠性：

    原代細胞：由于其接近體內狀態，使用原代細胞進行的研究結果通常更能直接反映生物學現象，但這也意味著實驗結果可能因個體差異而變化。

    傳代細胞：傳代細胞由于其穩定性和可重復性，常用于大規模篩選和藥物開發，但其結果需要通過體內模型進一步驗證，因為細胞系的基因表達可能與體內情況不全一致。

4. 研究應用：

    原代細胞：適用于研究細胞的正常生理功能、疾病機制和體內反應，尤其是在需要高度忠實模擬體內環境的研究中。

    傳代細胞：適合于藥物篩選、病毒培養和某些特定的生物學研究，但其結果在解釋時需要考慮傳代過程可能帶來的基因表達變化。

5. 技術手段：

    基因表達分析：無論是原代細胞還是傳代細胞，都可以通過qPCR、Western Blot (WB) 或RNAseq等技術來分析基因表達情況。qPCR適合于檢測特定基因的表達，而RNAseq可以全面揭示基因表達譜。

總之，原代細胞和傳代細胞在基因表達上的差異主要體現在保持性、可變性、實驗結果的可靠性以及研究應用的范圍上。選擇使用哪種細胞類型取決于具體的研究目的和需求。