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20005152--illumina Infinium® Omni5-4 v1.2 Kit 用戶指南
超高檢測通量：可同時檢測超過 500 萬個遺傳變異位點，一次實驗即可獲取大量的基因組信息，極大地提高了研究效率，適用于大規(guī)模的全基因組研究和復(fù)雜疾病的多因素分析 。
高準(zhǔn)確性與可靠性：經(jīng)過嚴格的設(shè)計和驗證，Infinium 技術(shù)具有的準(zhǔn)確性和重復(fù)性 。通過對多個重復(fù)樣本的檢測驗證，該試劑盒的基因型一致性可達 99% 以上，能夠為科研結(jié)果提供可靠的數(shù)據(jù)支持。
廣泛的位點覆蓋：涵蓋了國際通用的基因組參考數(shù)據(jù)庫（如 dbSNP、1000 Genomes Project 等）中的大量功能性和常見變異位點，同時也包含了針對特定人群、疾病或研究領(lǐng)域優(yōu)化的位點，確保對關(guān)鍵遺傳信息的全面捕獲 。
靈活的應(yīng)用范圍：不僅適用于人類樣本的基因分型研究，也可通過適當(dāng)?shù)恼{(diào)整應(yīng)用于其他物種的遺傳分析 。無論是基礎(chǔ)科研、臨床研究還是藥物研發(fā)，都能為研究人員提供有價值的基因組數(shù)據(jù)。
配套的數(shù)據(jù)分析工具：Illumina 提供了一系列配套的數(shù)據(jù)分析軟件（如 GenomeStudio、BlueFuse Multi 等），這些軟件操作簡便，功能強大，可幫助科研人員快速、準(zhǔn)確地進行數(shù)據(jù)處理、基因型分析和結(jié)果可視化 。從原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制到復(fù)雜的 CNV 分析，都能得到一站式的解決方案。
樣本準(zhǔn)備：
樣本類型：該試劑盒適用于多種樣本類型，包括新鮮全血、EDTA 抗凝全血、口腔拭子、FFPE（福爾馬林固定石蠟包埋）組織等 。但不同樣本類型的處理方法有所差異，需根據(jù)實際情況選擇合適的樣本。
DNA 提取：使用高質(zhì)量的 DNA 提取試劑盒，按照說明書的操作步驟從樣本中提取基因組 DNA 。提取后的 DNA 需進行濃度和純度測定，建議使用 Nanodrop 分光光度計或 Qubit 熒光定量儀檢測。DNA 濃度應(yīng)在 50 - 200 ng/μL 之間，A260/A280 比值應(yīng)在 1.8 - 2.0 之間，以確保 DNA 質(zhì)量符合實驗要求。
試劑與耗材準(zhǔn)備：
試劑盒檢查：收到 Illumina Infinium® Omni5-4 v1.2 Kit 后，立即檢查試劑盒包裝是否完好，確認各試劑組分是否齊全，包括 DNA 處理試劑、雜交試劑、延伸試劑、洗滌緩沖液、芯片等 。查看試劑的有效期，確保在有效期內(nèi)使用。將試劑盒短暫離心（低速，如 2000 - 3000 rpm，離心 1 - 2 分鐘），使附著在管蓋上的試劑集中于管底。
其他耗材：準(zhǔn)備無菌的 PCR 管、移液器吸頭、離心機、振蕩混合器、水浴鍋、恒溫培養(yǎng)箱等實驗耗材和設(shè)備 。確保所有耗材均為無菌、無核酸酶污染狀態(tài)，實驗設(shè)備運行正常。
實驗環(huán)境準(zhǔn)備：在進行實驗前，對實驗室工作臺面進行清潔和消毒，使用 75% 酒精擦拭臺面 。確保實驗環(huán)境溫度和濕度穩(wěn)定，避免環(huán)境因素對實驗結(jié)果產(chǎn)生影響。實驗過程中，嚴格遵守實驗室生物安全和無菌操作規(guī)范，防止樣本污染。
DNA 處理：
亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化（可選，用于甲基化研究或作為預(yù)處理步驟）：取適量提取的 DNA 樣本，按照試劑盒說明書中的操作步驟進行亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化 。該過程包括 DNA 變性、亞硫酸氫鹽處理、中和及純化等步驟，將未甲基化的 C 轉(zhuǎn)化為 U，同時保留樣本的 DNA 完整性。轉(zhuǎn)化后的 DNA 需進行定量和質(zhì)量檢測，確保轉(zhuǎn)化效率達到 90% 以上。
DNA 片段化與標(biāo)記：將處理后的 DNA 進行片段化處理，使其成為適合與芯片探針雜交的片段長度 。然后，對 DNA 片段進行標(biāo)記，通常采用末端標(biāo)記的方法，在 DNA 片段的末端添加特定的標(biāo)簽，以便后續(xù)與芯片探針結(jié)合。
雜交：將標(biāo)記好的 DNA 樣本與雜交緩沖液混合均勻，加入到 Infinium® Omni5-4 v1.2 芯片的反應(yīng)孔中 。將芯片放入雜交爐中，按照設(shè)定的溫度和時間進行雜交反應(yīng)（一般為 48 - 72 小時）。在雜交過程中，DNA 片段會與芯片上的探針特異性結(jié)合，形成穩(wěn)定的雜交復(fù)合物。
洗滌：雜交完成后，將芯片從雜交爐中取出，放入洗滌工作站中，使用洗滌緩沖液進行多次洗滌 。洗滌過程旨在去除未結(jié)合的 DNA 片段和雜質(zhì)，確保芯片上只保留與探針特異性結(jié)合的 DNA。洗滌步驟需嚴格按照說明書操作，控制洗滌時間和溫度，以保證洗滌效果。
單堿基延伸：向芯片反應(yīng)孔中加入 DNA 聚合酶和帶有熒光標(biāo)記的 ddNTP，進行單堿基延伸反應(yīng) 。在合適的溫度和反應(yīng)時間下（一般為 37℃孵育 2 - 4 小時），DNA 聚合酶根據(jù)目標(biāo)位點的堿基類型，將對應(yīng)的 ddNTP 添加到探針上，完成單堿基延伸。
熒光檢測：延伸反應(yīng)結(jié)束后，將芯片放入 Illumina iScan 等熒光掃描儀中進行掃描 。掃描儀會根據(jù)熒光標(biāo)記的不同顏色和強度，對每個位點的信號進行檢測和記錄，生成原始數(shù)據(jù)文件。
數(shù)據(jù)導(dǎo)入：將掃描得到的原始數(shù)據(jù)文件導(dǎo)入 Illumina GenomeStudio 等數(shù)據(jù)分析軟件中 。軟件會自動識別數(shù)據(jù)文件中的信息，并將其轉(zhuǎn)換為可分析的格式。
質(zhì)量控制：在數(shù)據(jù)分析前，需對數(shù)據(jù)進行質(zhì)量控制 。通過軟件中的質(zhì)控模塊，檢查樣本的整體信號強度、檢出率、SNP 分型聚類情況等指標(biāo)，剔除質(zhì)量不合格的樣本和位點。一般要求樣本的檢出率大于 95%，SNP 分型聚類清晰，信號強度均勻。
基因型分析：使用軟件的基因型分析模塊，對經(jīng)過質(zhì)量控制的數(shù)據(jù)進行基因型 calling 。軟件會根據(jù)熒光信號的強度和顏色組合，自動判斷每個位點的基因型，并生成基因型數(shù)據(jù)表格 。對于不確定的基因型，可通過手動調(diào)整聚類邊界或參考其他樣本的基因型進行修正。
CNV 分析（可選）：如果需要進行拷貝數(shù)變異分析，可使用 BlueFuse Multi 等專門的 CNV 分析軟件 。將基因型數(shù)據(jù)導(dǎo)入軟件后，通過與參考基因組進行比對，分析樣本中目標(biāo)區(qū)域的拷貝數(shù)變化情況，并生成 CNV 分析報告。
結(jié)果解讀與可視化：根據(jù)研究目的，對基因型和 CNV 分析結(jié)果進行解讀 。可使用軟件中的可視化工具，生成聚類圖、曼哈頓圖、熱圖等，直觀展示研究結(jié)果。同時，結(jié)合生物學(xué)背景知識和研究假設(shè)，對結(jié)果進行深入分析和討論，挖掘潛在的遺傳信息。
試劑與耗材處理：實驗結(jié)束后，將剩余的試劑按照要求保存于 - 20℃冰箱中，避免反復(fù)凍融 。對于已開封的試劑，需盡快使用，并在使用前檢查試劑是否有變質(zhì)或污染的跡象。使用過的耗材（如 PCR 管、吸頭、芯片等）屬于生物廢棄物，應(yīng)按照實驗室生物安全規(guī)定進行分類處理，進行高壓滅菌或化學(xué)消毒后丟棄。
數(shù)據(jù)存儲與備份：將實驗數(shù)據(jù)和分析結(jié)果進行妥善存儲，建議使用專用的服務(wù)器或硬盤進行備份 。同時，對數(shù)據(jù)進行合理的命名和分類，以便后續(xù)查詢和使用。為了確保數(shù)據(jù)的安全性，定期對數(shù)據(jù)進行備份，并建立數(shù)據(jù)恢復(fù)機制。
樣本質(zhì)量：樣本的質(zhì)量直接影響實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性，確保提取的 DNA 濃度和純度符合要求，避免樣本降解和污染 。對于 FFPE 組織樣本，由于 DNA 質(zhì)量可能較差，需特別注意提取方法和質(zhì)量檢測，必要時可進行多次提取和純化。
試劑使用：嚴格按照說明書要求的儲存條件保存試劑，避免試劑因儲存不當(dāng)而失效 。使用試劑時，應(yīng)使用無菌的移液器和吸頭，避免交叉污染。每次取試劑后，及時將試劑管蓋緊，放回冰箱保存。不同批次的試劑可能存在差異，盡量使用同一批次的試劑進行實驗，以保證實驗結(jié)果的一致性。
實驗操作：實驗過程中，嚴格遵守操作步驟和時間要求，確保每個步驟的準(zhǔn)確性和一致性 。在進行 DNA 處理、雜交、洗滌等操作時，要注意避免樣本蒸發(fā)和污染。同時，保持實驗環(huán)境的清潔和穩(wěn)定，減少外界因素對實驗結(jié)果的干擾。
數(shù)據(jù)分析：在數(shù)據(jù)分析過程中，要注意選擇合適的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)和分析方法 。對于不確定的結(jié)果，需進行進一步的驗證和分析。同時，保護數(shù)據(jù)的隱私和安全，遵守相關(guān)的數(shù)據(jù)管理規(guī)定。
樣本檢出率低：
原因：可能是樣本 DNA 質(zhì)量不佳、DNA 濃度過低、雜交條件不合適、洗滌過度等 。
解決方法：重新檢測樣本 DNA 的濃度和純度，確保其符合實驗要求；適當(dāng)增加 DNA 上樣量；優(yōu)化雜交條件，如調(diào)整雜交溫度、時間和雜交液配方；檢查洗滌步驟，減少洗滌次數(shù)或降低洗滌強度，避免過度洗滌導(dǎo)致結(jié)合的 DNA 丟失 。
SNP 分型聚類不清晰：
原因：可能是熒光信號強度不足、探針設(shè)計不合理、樣本存在污染、實驗操作誤差等 。
解決方法：檢查熒光掃描儀的參數(shù)設(shè)置，確保信號檢測的準(zhǔn)確性；重新評估探針的設(shè)計，選擇特異性更高的探針；對樣本進行污染檢測，如檢測是否存在外源 DNA 污染；仔細檢查實驗操作步驟，避免操作誤差，如確保試劑添加準(zhǔn)確、混合均勻等 。
CNV 分析結(jié)果異常：
原因：可能是參考基因組選擇不當(dāng)、數(shù)據(jù)分析參數(shù)設(shè)置不合理、樣本存在批次效應(yīng)等 。
解決方法：根據(jù)研究物種和樣本類型，選擇合適的參考基因組；優(yōu)化 CNV 分析軟件的參數(shù)設(shè)置，如調(diào)整閾值、滑動窗口大小等；對樣本進行批次效應(yīng)校正，如使用 ComBat 等軟件進行處理 。
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