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食品細菌快速測定儀的操作原理和方法因儀器類型而異，以下是幾種常見類型的操作原理及方法：
一、操作原理
ATP生物發光法：
原理：ATP（三磷酸腺苷）是所有生物細胞中均有的能量分子，測定出樣品中細菌細胞的ATP含量，即可得知細菌數。該儀器利用生化作用使細菌細胞的ATP發光，以其光亮度測定細菌量，同時用生物方法分離非細菌細胞的ATP以避免假陽性，并用化學手段除去干擾物質（如鹽、商業消毒劑等）的萃滅作用以避免假陰性。
過氧化物酶檢測法：
原理：細菌、真菌等好氧微生物在新陳代謝時產生一種過氧化物酶，儀器檢測的就是過氧化物酶。過氧化物酶的產生與生物活性的高低成一定比例，因此樣品中現存的酶的數量可以反映當前總的生物活性。
二、操作方法
ATP生物發光法測定儀：
準備階段：打開機器，點擊檢測，儀器提示“放入拭子”進入檢測界面。從冰箱中取出拭子，放置10-15分鐘，待恢復至室溫后使用。
采樣階段：從套管里取出拭子，一手捏住連接頭，擦拭物體表面（如45°傾斜，10×10cm表面）。將采集器插回套管。
處理階段：一手捏住連接頭，一手捏住囊體上部，來回彎折，直至折斷閥門。擠壓拭子頭3次（或輕甩5下拭子），使拭子頭中的液體全部被擠出。
檢測階段：立即將拭子插入儀器中檢測，點擊檢測按鈕，15秒后出檢測結果。
基于過氧化物酶檢測的儀器（如HMBX儀器）：
液體樣品：取1支空的測試管，移去皮塞，向內面加10滴50C試劑，然后用注射器取10ml的樣品加入試管中。加10滴50R試劑于試管中，用皮塞蓋好反應管，用排風裝置刺破皮塞排2-3次后移去，搖擺試管混合試劑，等15分鐘左右，再搖擺試管。打開儀器開關“ON”，3-4秒后顯示“00.00”，輕彈反應管使管壁上的液體流下，插入反應管，用探針開始測量，讀數BRM，使用“mode”讀出CFU。
固體樣品：取1g樣品加入到預先裝入試劑的試管中，后續步驟與液體樣品相同。
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