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自動菌落計數通常使用全自動菌落計數儀等設備完成，其具體操作步驟如下：
準備工作
連接設備：將全自動菌落計數儀的電源插頭插入220V電源插座內，確保儀器正常供電。若儀器需連接電腦，則完成相關連接操作。
插入探筆：把探筆插入儀器上的探筆插孔內，保證探筆與儀器連接良好。
打開儀器：將電源開關撥向“開”位置，此時計數池內燈亮，顯示屏通常會顯示初始狀態(如“0000”)，表示儀器已準備好進行計數。若顯示屏上有上次計數的殘留數字，可按“清零”或“復位”鍵將顯示恢復為初始狀態。
調節光源：打開軟件，在主界面上方工具欄找到相機圖標，點擊開啟攝像，然后在右側光源區域拖動上光源浮標調節亮度，根據菌落影像選擇不同下光源顏色。
放置培養皿：將待檢的培養皿皿底朝上放入計數池內，確保培養皿與計數池緊密貼合。也可通過放大鏡觀察菌落分布情況，為后續計數做準備。
計數操作
設置樣品信息：在保存結果區域輸入樣品名稱及樣品編號。
進行計數：
傳統計數：使用探筆在培養皿底面對所有的菌落逐個點數，每點一個應聽到“嘟”聲才說明有效，此時儀器會自動標記被點數的菌落(通常為紅色或藍色)，并且顯示窗內的數字會自動累加。
軟件自動統計：點擊確定，軟件自動統計菌落數量。對于多色統計，在主界面與右側模式選擇區域勾選多色統計選項，編輯樣品信息后點擊確定，在右下角會自動統計出不同顏色菌落的數量。
檢查確認：用放大鏡仔細檢查培養皿，確保所有菌落都已被正確點數，無遺漏。對于連在一起的菌落，可根據形態特征進行區分計數。
數據處理
讀取數據：顯示屏內的數字即為該培養皿內的菌落數，可直接讀取。
記錄數據：將讀取到的菌落數記錄下來，以便后續分析。
保存數據：如果儀器配備了數據保存功能，點擊保存按鈕或在計數前設置自動保存，以便將檢測數據保存到指定路徑或數據庫中。
導出數據：在主界面工具欄的溯源中找到歷史結果選項，點擊打開，選擇需要導出的歷史記錄，點擊導出，選擇路徑保存。若需要批量導出，則選擇相應區間日期，點擊批量導出；或在主界面導出當前歷史記錄，于工具欄中選擇，選擇保存路徑，導出文件。
導出圖像：在主界面工具欄中找到圖像，選擇導出原圖，選擇保存路徑，導出清晰圖片。
后續操作
取出培養皿：記錄完數據后，取出培養皿，準備進行下一次計數或關機。
清零復位：按“清零”或“復位”鍵，將顯示屏恢復為初始狀態，為下一次計數做好準備。
關閉電源：將電源開關撥向“關”位置，斷開儀器電源。
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