自動頂空進樣器清洗步驟如下： 

1、設置傳送帶溫度為60℃，設置樣品定量管和傳送管溫度為Off。 

2、一旦樣品定量管和傳送管溫度冷卻到低于60℃,關閉通往頂空進樣器的氣體，拆下出口端的放空管線。 

3、在傳送帶中插入一個空的樣品瓶。 

4、用手提起樣品瓶。 

5、用一次性注射器抽取約6ml的純凈水注射進HSS放空管。 

6、降低樣品瓶然后取出來。重復步驟3到5(注射兩到三次將清洗干凈)。 

7、再設置一個空樣品瓶并提起，然后使用一次性注射器注射足夠的空氣將水吹掃出來。 

8、將傳送管一端插入一個燒杯或類似容器中，并使用一次性注射器從HSS氣體管出口注入約10ml水，然后注入約10ml甲醇。 

9、使用一次性注射器注射足夠的空氣以吹掃出水。 

10、重新安裝好管線并打開氣流。然后，切換樣品瓶到Load-INJ反復幾十次以將水和甲醇全部吹出樣品閥和管線