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攪拌式多肽合成儀以固相合成為反應原理，即在密閉防爆玻璃反應器中，按照已知的氨基酸序列(一般為C端羧基末端至N端氨基末端)不斷添加、反應、合成，最終得到多肽載體。固相合成法大大減少了每一步產品精制的難度。為了防止副反應，參與反應的氨基酸側鏈都受到保護，羧基末端是游離的，在反應之前必須活化。固相合成方法有Fmoc和tBoc兩種。
操作流程
攪拌式多肽合成儀的操作流程通常包括以下幾個步驟：
準備工作：清洗反應器、配制所需的溶液和試劑等。
裝載樹脂：將固相樹脂裝載到反應器中，并進行必要的預處理。
添加氨基酸和試劑：按照預定的氨基酸序列和反應條件，通過自動化控制系統向反應器中添加氨基酸和試劑。
攪拌和反應：啟動攪拌系統，使反應物在反應器內充分混合并進行反應。反應過程中，可以通過控制系統實時監測反應條件和調整參數。
收集和純化：反應完成后，通過適當的收集裝置收集多肽產品，并進行必要的純化處理。
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