純水在存儲過程中，二次污染導致水質下降問題很難避免。當儲水箱的水質有下降情況發生，我們就需要引起足夠的重視。一般，引起純水在水箱儲存過程中發生水質劣化的主要原因有以下幾點：

水箱材質：由于純水中的溶解離子濃度低，外界環境中的污染物，如微生物、空氣、有機物等很容易進入水中。非惰性的塑料和玻璃制造的儲水箱會溶出離子和有機物，電導率升高，水質劣化。因此，水箱材質推薦使用低溶度的聚乙烯，含氟材質。

空氣過濾器：多數的儲水器都有一個排氣口用于取水期間空氣的流通。空氣口容易吸入外界空氣中的二氧化碳、細菌、顆粒和揮發性有機物，這都會引起純水污染。因此，排氣口需安裝一個空氣過濾器阻止這些污染物的進入。

殺菌：水質雖然經過純化，但仍然會有少量微生物殘存。只要留存在水箱中，就會出現繁殖的可能性，從而形成菌膜，引發水質下降問題。因此，安裝一個能夠抑制細菌生長的UV燈非常重要，它相對于藥劑或者熱水殺菌，持續性強，無毒無害無污染，成本低。一般，在純水管線與水箱中同時使用紫外燈照射，可將純水中的細菌降到很低。

水箱設計：細菌繁殖容易發生在水流停滯的地方。因此，水箱的設計架構非常重要。一般平底水箱容易滋生細菌，水排不干凈。而底部傾斜構造的水箱，就能讓水排完。此外，不能將水箱放置在陽光直射的窗邊，如果使用半透明材質的水箱，也會因日光照射引起藻類物繁殖問題。