把污水加蒸餾水分別稀釋10，100，1000倍，然后加入培養基中培養，如果培養出來菌落重合，菌非常多，無法分離，就加大稀釋倍數，直至獲得清晰可分離的菌落，有時甚至是非常小的菌落，要用倒置顯微鏡操作。而培養基則根據要分離的菌的營養類型進行配置，若要獲得多種微生物就要配置多種培養基進行如上操作。對于土壤加水溶解，對溶解液進行如上操作，不溶的部分就不用管了

樣品：加80ML蒸餾水，攪拌溶解，取上清液1ML于試管一中，并加9毫升水，叢試管一中取1ML加到試管2里，加9毫升水，叢試管2中取1ML加到試管3里，加9毫升水，分別稀釋了10 100 1000倍。

培養基：根據加瓊脂量控制培養基狀態，液體，半固體，固體培養基，根據細菌真菌霉菌配不同的培養基，調PH值。

接種：厭氧菌先接種再加培養基，好氧菌先加培養基再接種，倒置培養皿于SPX-150恒溫培養箱（上海和呈儀器制造廠生產）中。一種培養基加一種樣品。

結果：培養后出現不同的菌落，用接種針挑取再接種到新培養基里

重復操作直至出現單一的菌落，然后制片觀察，保留菌種。