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隨著離子色譜用戶越來越多，在使用離子色譜儀及維護保養設備過程中應嚴格按照儀器說明書的要求，正確操作，注意加強定期維護和保養，建立完善的維修日志，及時總結維修經驗，才能獲得理想的分析結果，延長設備使用壽命。在日常維護中這兩點不能忽略：
1、色譜柱的清潔與維護
色譜柱是離子色譜儀的核心部件之一，樣品中各種離子的分離是在色譜柱中完成的。因此，色譜柱的保養尤為重要。柱在任何情況下不能碰撞、彎曲或強烈震蕩。當柱和色譜儀聯結時，閥件或管路一定要清洗干凈；要注意流動相的脫氣；避免使用高黏度的溶劑作為流動相；實際樣品在測定時要經過預處理，嚴格控制進樣量；每天分析工作結束后，要清洗進樣閥中殘留的樣品，還要用適當的溶劑來清洗柱；若分析柱長期不用，對陰離子柱要用純凈水沖洗干凈，并通入 3%的H2BO3(30mL)或 NaOH,并將色譜柱取下兩端密封保存；短期內不用的色譜柱，可一周通一次水的方法保存。
2、防止空泵運轉造成的損壞
泵工作時要隨時觀察溶液，留心防止瓶內的流動相用完，嚴禁將溶液吸干。否則空泵運轉磨損柱塞，同時密封圈的鋯桿被磨損，最終導致高壓泵被損壞而產生漏液。過濾頭要始終浸在溶液底部，要避免向上反彈吸進氣泡。更換溶液時要關機操作。
離子色譜儀所用的淋洗液必須用0.22μm的濾膜抽濾，所用的其他流動相及樣品必須先經過0.22μm的濾膜抽濾,以防止其中的微粒堵塞柱子，降低柱效；對未知樣品的測定應先行稀釋 100 倍后再進樣,根據所得結果選擇適當的稀釋倍數；整個系統不能進入氣泡，否則影響分離效果。泵使用過程中要適時添加淋洗液，以免溶液耗光損傷泵；在測定樣品前后，要用流動反復沖洗柱子，消除干擾，以確保柱效良好。
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