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電子顯微鏡由鏡筒、真空裝置和電源柜三部分組成。
1、鏡筒主要有電子源、電子透鏡、樣品架、熒光屏和探測器等部件，這些部件通常是自上而下地裝配成一個柱體。
電子透鏡用來聚焦電子，是電子顯微鏡鏡筒中最重要的部件。一般使用的是磁透鏡，有時也有使用靜電透鏡的。
2、真空裝置用以保障顯微鏡內的真空狀態，這樣電子在其路徑上不會被吸收或偏向，由機械真空泵、擴散泵和真空閥門等構成，并通過抽氣管道與鏡筒相聯接。
3、電源柜由高壓發生器、勵磁電流穩流器和各種調節控制單元組成。
電子顯微鏡的缺點：
1.在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察，因此無法觀察活樣本。隨著技術的進步，環境掃描電鏡將逐漸實現直接對活樣本的觀察；
2.在處理樣本時可能會產生樣本本來沒有的結構，這加劇了此后分析圖像的難度；
3.由于電子散射能力，容易發生二次衍射等；
4.由于為三維物體的二維平面投影像，有時像不；
5.由于透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本，而有可能物質表面的結構與物質內部的結構不同。
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