潔凈室的功能主要是對空氣中的細菌和塵埃進行過濾，控制空氣中的生物和非生物粒子，進而使空氣質量達到潔凈的標準。

所以空調系統就要有足夠大的風量才能保證潔凈室的潔凈度，風量大小會根據室內換氣次數不同而不同，有十倍的也有幾十倍，如果是單向流的潔凈室，換氣次數會更加多。

為了保證潔凈室內正負壓的調節，潔凈室內管道的阻力是一般的空調一倍還多。阻力的克服就需要空氣處理機組中的送風機壓頭要高，后彎機翼型的風機和無窩殼的風機可以讓空調處理機組有足夠高的壓頭。

普通空調對舒適性要求很高，而潔凈室內的空調溫度和濕度的要求不同，因為要滿足工藝要求，所以溫度和濕度的精度要求非常高。一定要保證潔凈室內恒溫恒濕，空氣處理機組要具備制冷熱、加濕和除濕等功能，并且是精密控制。

不管是什么樣的生產車間，都要防止粉塵和細菌的擴散，所以要控制好潔凈室內的正負壓，防止病毒細菌擴散。工業潔凈室基本上都會采用正壓維持，負壓控制主要是對付有毒氣體或易燃易爆溶劑的物品。壓差控制值的準確度和漏風率有很大關系，低漏風率可以控制精度。

潔凈室的目的就是為了控制污染，保證產品的質量合格，工業生產要求潔凈室可以將塵埃量降到低或者達到無塵，這就需要有好的過濾系統。

潔凈技術對塵埃或微生物控制的程度也要取決于過濾器的性能好壞，潔凈室需要三級過濾，分別是空氣處理機組配備初、中效過濾器和送風末端配高效過濾器。空氣過濾器的品質要高，發生泄漏的話，就不能達到潔凈的目的了。