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賽默飛色譜柱選擇時要掌握色譜柱的主要關鍵參數，色譜柱的保護，色譜分析理論以及色譜柱的分類等知識，分析工作者才能做到在工作開展時一針見血的選擇色譜柱，有的放失的開發方法，后心中有數的完成分析工作。
賽默飛色譜柱的關鍵參數有固定相、內徑，長度和液膜的厚度。
1）固定相
固定相由固體吸附劑或涂有固定液的擔體構成。擔體是一種多孔性化學惰性固體，用來支撐固定液。擔體的特性是表面積大、有化學惰性、熱穩定性，孔隙結構和浸潤性。擔體分為一般分硅藻土和非硅藻土兩大類。
固定相一般是具有活性的多孔性固體的物質，主要有三類：吸附、高分子聚合物、化學健合固定相，由固定液涂敷在載體表面上。
常用的賽默飛色譜柱是化學健合固定相，主要是聚氧硅氧烷和聚乙二醇。選擇這類色譜柱理論上遵循相似性原則，即非極性固定相分析非相性物質，極性固定相分析極性物質，含芳香基團的固定相分析芳香物質。這類固定相與分析物之間存在三種作用力：色散力、偶極力和氫鍵作用力。
2）內徑
毛細管柱的內徑直接影響到理論塔板數、分離度、保留時間和柱頭壓力等參數。
由理論公式可以得到，柱子內徑大小與柱效成反比，分離度與理論塔板數的平方根成正比，分析物的保留時間與柱子內徑成反比，柱頭壓力是柱內徑的負二次方函數，載氣的流量設置也會根據柱內徑進行優化。
柱子內徑常規有0.18 mm、0.25 mm、0.32 mm、0.53 mm，小內徑有較高的理論塔板數，但也會有較高的柱頭壓力。高載氣流速時使用大內徑的柱子，同時也會有較高的樣品容量。
3）液膜厚度
柱子液膜厚度影響分析物的保留特性、分離度、流失、惰性和容量。
一般情況，液膜厚度與保留時間成正比，對于低沸點的分析物，厚度越大保留越強。液膜厚度大的毛細管柱流失水平也高，同時惰性也強，使用較厚度液膜的柱子可以減少峰拖尾。
常規的液膜厚度有0.12μm、0.4μm、1.2μm、5.0μm，對于0.18~0.32mm 內徑的毛細管柱，一般膜厚為0.18~ 0.25μm，適用于大多數樣品分析。對于0.45~0.53mm 內徑的毛細管柱，一般膜厚為0.8~1.5μm，適用于大多數樣品分析。
4）長度
毛細管長度會影響柱效、分離度、保留時間和載氣壓力。柱子長度與理論塔板數成正比，理論上增加柱子長度可以增加分離度，也會增加保留時間。柱子的壓力與長度成正比。
15m長的毛細管柱用于簡單分析物的分析，30m長的毛細管柱可以用于30-50個組成的分析，更復雜的分析物可用大于50m毛細管柱。
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