霍亂是由霍亂弧菌引起的急性腸道傳染病,有輕癥、中、重癥,以及中毒型病例。感染后,若治療不及時或不恰當,會引起嚴重脫水,導致死亡。每年5-10月為我國霍亂高發(fā)季節(jié),人群普遍易感,胃酸缺乏者尤其易感。近年來,我國有發(fā)病病例,死亡率均為0。
解決方案
霍亂弧菌的鑒定有多種方法,包括微生物學及分子生物學檢測,使用qPCR對霍亂CTX毒力基因進行檢測是一種快速手段,且基于16S rRNA基因分型在其流行病學研究中有廣泛的應(yīng)用。
核酸提取
QIAamp PowerFecal Pro DNA Kit(51804)
高效裂解糞便和腸容物中所有微生物,幫助獲得無偏倚的微生物多樣性信息結(jié)果。
DNeasy 96 PowerSoil Pro Kit (47017)
可一次純化96孔板糞便樣本中微生物DNA,實現(xiàn)高通量檢測。
DNeasy PowerWater Kit (14900-50-NF)
從過濾水,包括混濁水樣品中分離微生物DNA,兼容大部分材質(zhì)的濾膜。
核酸擴增
HotStarTaq DNA Polymerase (203203)
熱啟動DNA聚合酶,室溫下建立PCR體系,*的Q-Solution有助于GC含量高的模板擴增,*的QIAGEN PCR Buffer,將非特異性擴增產(chǎn)物、引物二聚體和其他污染降低。
HotStarTaq Plus DNA Polymerase (203607)
快速熱啟動酶
圖注:HotStarTaq DNA Polymerase系列產(chǎn)品的優(yōu)秀性能
QuantiNova Probe PCR Kit (208254)
探針法qPCR 試劑,室溫下配置體系,*的顏色指示劑,30min完成40個循環(huán),起始量低至單拷貝。
圖注:強的擴增穩(wěn)定性
微生物16S/ITS擴增子測序
QIAseq 16S/ITS Screening Panel (333812)
可篩選16S可變區(qū)和ITS區(qū)域內(nèi)全長或任意組合序列,僅需1pg上樣量。
圖注:不同樣本16S/18S引物的擴增結(jié)果
圖注:同一樣本進行稀釋后,以不同起始量和PCR cycles進行QIAseq 16S文庫構(gòu)建并測序分析,即使低至1pg起始樣本,微生物群組比例分析結(jié)果也不會產(chǎn)品明顯偏差。
以上資料來源于:中華人民共和國國家衛(wèi)生行業(yè)標準《霍亂診斷標準》、疾病預防控制局
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