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各種不同類型的采樣器，都有各自的優點和缺點，有不同的適用場景。在采樣過程，要根據病毒采樣需求和特點，選用相應的采樣器，并遵循相應的使用要求，才能提高采樣效能。
(一)樣品液濃度
病毒采集液通常通過核酸檢測判定環境空氣中病毒氣溶膠存在及濃度的高低。樣品液濃度是檢測陽性率高低的重要依據。樣品液濃度受采樣器采集效率高低、流量大小、采樣時間長短、樣品液多少四個因素共同決定。通常情況下，采集效率越高、流量越大、采樣時間越長、樣品液越少，樣品液濃度越高。
1、采樣器采集效率
采樣器采集效率通常用一個參數切割點表示，即該采樣器對某粒徑的氣溶膠采集效率為50%，把這個料徑稱為該采樣器的切割點，粒徑大于該切割點的氣溶膠，采集效率高于50%。切割點越低，表明該采樣器的采集效率越高。采樣器的采集效率，與采集器采集方式，采樣器設計相關，是采樣器的固有特征參數。
采集效率高的采樣器有過濾式采樣器：FM-15過濾式采樣器是一款便攜過濾式采樣器。可供醫療衛生、食品工業、發酵工業、制藥工業和農牧業以及有關研究部門作空氣浮游菌及其他顆粒物監測和實驗研究的一種新型儀器。本儀器具有適用范圍廣、小巧便攜、操作簡單等特點。
2、采樣流量
在采樣時間相同的情況下，采樣器流量大，采集的空氣，相應的生物氣溶膠量多，采樣效能高，檢測的陽性率高。采集效率較低的大流量采樣器，可以通過大流量補償，在相同時間內采集到更多的病毒。
流量大的采樣器通常有：固體撞擊式采樣器，離心式采樣器。
3、采樣時間
采樣時間越長，可采集的氣溶膠顆粒越多。但采樣介質本身的耐受時間，及病毒氣溶膠在樣品介質上保存時間，又制約著采樣時間不能過長，需要根據采樣器特點及采樣需求科學確定采樣時間。
4、樣品液量
在采樣量相同的情況下，樣品液量的多少決定的樣品液濃縮，在一定程度上決定檢測結果的陽性率。
濕壁氣旋式采樣器需要的液量多，濕壁氣旋式采樣器和旋風分離式液體采樣器所需要的液量可多可少。
(二)樣品液處理
過濾式采樣、固體撞擊式采樣，需要經過處理，才能將樣品轉化成液體形態進行核酸檢測。一是樣品的轉化難免會有損失，這取決于處理過程樣品的轉化率，轉化率越高，使用效能越高；二是樣品處理所需要的液量越多，樣品液濃度越低，采樣器的使用效能越低；三是樣品在處理時，可能存在交叉污染，致使檢測結果出現假陽性；四是樣品處理過程中，增加了人員的暴露風險，因此，病毒采樣盡量減少處理環節。
(三)樣品液保存
采集樣品通常帶回實驗室檢測，在檢測前，需要對樣品進行正確保存，避免病毒變性。一是低溫保存，從采樣地點到實驗室，通常使用冷藏箱進行冷藏保存。二是使用病毒保存液保存，病毒保存液可在常溫下，一定的時間內確保病毒不變性。
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