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菌落計數是微生物實驗中普遍的實驗之一，是統計物品含菌數的有效方法，廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、化妝品、衛生用品、飲用水、生活污水、工業廢水、臨床標本中細菌數的檢驗。
全自動菌落計數儀因其使用的自動化程度高、分析結果可核對、樣品信息可留存等，已逐漸被越來越多的科研院所、衛生疾控部分所喜愛。全自動菌落計數儀采用成像分析法實現自動計數，即由【成像硬件+分析軟件】所組成。
成像硬件用于獲得清晰有效的菌落圖像，以便分析計數。成像硬件有拍照成像、掃描成像。由CMOS加攝像頭拍照成像的優點是：成像速度快，能展現培養基表層和深層的細微菌落。確保在0.5秒內獲得菌落圖像。由單反相機、卡片機拍照成像的優點是：能自動對焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的時間。拍照成像的一個難題是光源產生的光斑干擾，對于這個問題國內一家公司，通過對儀器照明系統進行精密的設計，上下光源采用了寬光帶的LED柔光系統，并結合懸浮式暗視野 成像系統，不僅能夠消除玻璃培養皿的折射光斑，而且通過改變光比，使得菌落表面的皺折、凹陷、邊緣的鋸齒更富立體感。
掃描成像與在燈箱中營造均勻面光源不同，是將線光源通過移動變成面光源的，光線強度相對比較均勻，其均勻度通常比拍照燈箱的面光源要高一個數量級，從成像硬件的上解決了菌落目標的亮度不勻問題，但掃描只是平面的效果，不能展現培養基表層和深層的細微菌落，且不能展現菌落顏色等多方面的情況，對于觀察分析而言構成了一定難度。
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