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手性色譜柱是由具有光學活性的單體，固定在硅膠或其它聚合物上制成手性固定相(Chiral Stationary Phases)。手性色譜柱使用中可能出現的常見問題有：
1、正相手性色譜柱柱壓高
手性色譜柱壓力高的原因有可能是流動相中醇的含量太高，或者液相流路中有堵塞，或者柱頭有樣品析出，或者填料被壓縮柱頭塌陷等。針對不同的原因請有針對性的采取相應的措施。如果是流動相中醇含量太高，則需要升高溫度或者降低流速。如果液相流路中有堵塞需要排除堵塞。如果柱頭有樣品析出則需要使用流動相溶解樣品以及樣品預處理除掉樣品中易析出的成分。如果填料被高壓壓縮柱頭塌陷，則需要重新購買新的手性柱。
2、手性柱譜圖中異構體的分離度下降
分離度下降的原因有可能是色譜柱以外的色譜條件發生了變化，或者色譜柱受損柱效發生了變化。首先查看是否是因為溫度、流動相成分等外在因素發生了變化導致分離度下降，如果排除了各種外在因素就有可能是分析柱本身的柱效下降導致的。如果分離度在短時間內急劇下降伴隨柱壓上升，可能是有強極性溶劑損害了柱子；如果分離度在長時間內慢慢下降，可能是柱頭受污染或柱頭塌陷，需要更換保護柱或者更換分析柱。
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