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集菌儀是集菌培養器的配套使用儀器，通過集菌儀的定向蠕動加壓作用，供試品被過濾并在濾器內進行培養，以檢驗供試品是否含菌。
智能集菌儀的操作使用：
1.取出集菌培養器先檢查包裝是否完好無損，在無菌室打開無菌包裝袋。
2.將集菌培養器逐個放在不銹鋼座上。
3.將集菌培養器的導管裝入智能集菌儀泵頭，要求定位準確，導管走勢順暢。
4.打開帶檢樣品，插入針孔并消毒，然后將樣品瓶定位。
5.拔去進樣雙芯針管的護套，插入樣品中，開啟集菌儀，再按“30R”“100R “140R”“160R”調節所需轉速；按“Up”“Down”鍵可上下調節轉速，實施過濾集菌（應避免雙芯針管進氣濾膜被藥液浸濕，影響進氣）。
6.完成集菌后，若樣品含抑菌物質，用適當緩沖液清洗，清洗方法與集菌過程相同。
7.啟開培養基的鋁蓋，插針孔并消毒。
8.摘下頂部空氣濾器開口的膠塞，將集菌培養器底部濾器開口塞上膠塞，用止血鉗依次開 閉軟管，開啟集菌儀，將培養基泵入特定的集菌培養器。
9.用小夾子夾閉與培養器連接部的導管，留下5-6cm導管，檢出其余部分，并將開口端插入在空氣濾器開口上。
10.分別按規定進行培養，并觀察培養情況。
11.當更換檢品和完成過濾時，按下“Stop”鍵，儀器立即停止運行。結束關閉電源。
12.取下不銹鋼底座進行清洗。
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