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真空冷凍干燥機廣泛應用在生物制品、藥品、食品等加工生產領域，生產過程包括產品的預凍、冷凝器的預冷、產品的升華等階段。其操作管理系統包括操作進入系統、組號選擇系統、冷凍干燥監控系統、凍干手動操作系統、凍干自動操作系統、在位清洗系統等部分。提出了利用真空冷凍干燥機來加工產品，時間長，要求高，機器操作者應該嚴格按照操作管理系統進行，以便提高企業生產效益。
真空冷凍干燥機上的產品生產過程：產品的預凍，冷凝器的預冷，產品的升華等階段。
1.產品的預凍
產品的預凍是為了固定產品，以便在真空條件下進行真空升華。如果在預凍時沒有凍牢，則在抽真空時產品會冒出瓶來。如果冷的過低，則不僅浪費了能源和時間，而且還會降低某些產品存活率。因此預凍之前應確定3個數據：預凍速率、預凍溫度和預凍時間。
2.冷凝器的預冷
冷凝器的預冷是在產品預凍結束保溫階段開始時預冷。當冷凝器降到-45℃，即可抽真空。
3.產品的升華
產品的升華包括兩個階段的干燥過程。階段一干燥，當凍干箱內的壓力降至10Pa以下，就可以給制品加熱，為制品升華提供能量，制品升華的速度由加熱能力和冷凝器的捕水能力而定。階段二干燥，當制品的階段一干燥結束進入階段二干燥時，制品的溫度可提高到其允許的較高溫度以下，維持一定的時間，使殘余水分含量達到預定值即可結束凍干。
真空冷凍干燥機真空系統的原理是通過抽除干燥箱中的不凝性氣體，來有效的維持凍干過程中所需要的真空度。真空泵工作時打開干箱蝶閥，真空干燥室內的空氣及水蒸汽經過捕水器捕捉水分后進入真空泵，由真空泵排氣口排出系統，在真空泵的排氣口裝有油霧捕集器，以防止排出氣體中的煙霧污染室內環境。為了防止水蒸氣進入泵內，系統配置了氣鎮閥，干燥過程中打開氣鎮閥。
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