操作氣相色譜儀如何選用不同氣體純度的氣源做載氣和輔助氣體，我們建議在滿足分析要求的前提下，盡可能選用純度較高的氣體。這樣不但會提高（保持）氣相色譜儀的高靈敏度，而且會延長色譜柱，整臺氣相色譜儀（氣路控制部件，氣體過濾器）的壽命。然而當發現載氣純度不夠時，除了更換為更高純度的氣體外，還可以從以下方面來解決：
① 分析對象：盡量避免用氣相色譜儀分析在高溫下容易發生氧化、還原、水解的化合物成分，避免樣品組分失真甚至消失而影響結果分析；
② 儀器系統：氣相色譜儀裝機前，載氣和輔助氣管路要清洗干凈，并且氣體一定要安裝過濾凈化裝置，吸附氣體中殘存的干擾成分，同時注意過濾凈化裝置是否失效，并避免氣路調節閥受到污染而使調節精度降低，氣路污染影響氣相色譜儀的靈敏度、損害儀器等；
③ 色譜柱：為了避免載氣中雜質的影響，可在分析柱前，連接上一段1m左右的同類型色譜柱，作為保護柱，一段時間后，更換前端保護柱就可以，避免氣相色譜儀分析柱壽命縮短；或者運行一段時間后，將分析柱截掉1m左右，去除性能降低的部分色譜柱。
實際操作時，要根據氣相色譜儀檢測器的噪聲水平判斷氣體的純度。如對ECD，載氣不純、雜質多如含氧量高，會導致氣相色譜儀檢測器明顯噪聲大、靈敏度降低、線性范圍變窄，甚至基線顯著飄移、出現倒峰等。