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菌落計數器是統計物品含菌數的有效方法，廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、化妝品、衛生用品、飲用水、生活污水、工業廢水、臨床標本中細菌數的檢驗。
菌落計數器的分類：
分為全自動菌落計數器，半自動菌落計數器和手動菌落計數器。
1.全自動菌落計數器可與電腦，配有系統軟件，可將培養皿放在儀器上面由電腦里系統軟件識別，計數可以以鼠標點擊等方式計數，計數完了可出具數據報告，還具有同時還可以檢測抑菌圈、大腸桿菌及螺旋分析的功能。一般需要出數據報告分析或需要進行其他測定：如抑菌圈測定和大腸桿菌測定的就可以采用全自動菌落計數器。
2.半自動菌落計數器是一種數字顯示式自動細菌檢驗儀器。由計數器、探筆、計數池等部分組成，計數器采用CMOS集成電路精心設計，LED數碼管顯示，字高13mm，清晰明亮，配合探筆，計數靈敏準確。黑色背景式記數池內，熒光燈照明，菌落對比清楚，便于觀察。
3.手動菌落計數器是由由計數器、探筆、計數池等部分組成;一般使用單位計數不是很頻繁，培養的菌體不超過3位數，基本都采用手動就行了。手動菌落計數器原理是：將培養皿放置在帶有下光源的底座上，操作人員通過放大鏡和光源對培養皿進行觀察。用計數筆在培養皿上的點擊，由壓力觸碰裝置對每一次點擊進行計數。
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