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根據分析目標，安捷倫氣相色譜儀色譜柱的類型，操作儀器的擋次和具體檢測器，若運用不合要求的低純度氣體，不良影響有以下幾種可能：
1、樣品失真或消失：如H2O氣使氯硅樣品水解；
2、氣相色譜儀色譜柱失效：H2O，CO2使分子篩柱失去活性，H2O氣使聚脂類固定液分化，O2使PEG斷鏈。
3、有時某些氣體雜質和固定液相互作用而發生假峰；
4、對氣相色譜儀柱保存特性的影響：如：H2O對聚乙二醇等親水性固定液的保存指數會有所增加，載氣中氧含量過高時，不管是極性或是非極性固定液柱的保存特性，都會發生變化，運用時間越長影響越大。
為了避免發生上述不良影響，可運用安捷倫氣相色譜儀色譜數據處理的這四個步驟：
1、噪聲濾除：從氣相色譜儀色譜圖采樣數據中濾除各種頻率的噪聲。
2、信號峰檢測：檢測氣相色譜儀每個信號峰的起點及其他特征點。
3、基線校對：校對并扣除布景基線。
4、氣相色譜儀堆疊峰切開：用數學方法分化物理上未能*分離的堆疊峰。
掌握了正確運用手法，安捷倫氣相色譜儀的運用注意事項也有必要銘記于心：
1、氣路裝置氣體過濾器和氧氣捕集器；氧氣捕集器再生：
2、氣相色譜儀ECD運用填充柱時也需供給尾吹氣（2～3ml/min）；
3、操作溫度為250～350℃。不管色譜柱溫度多么低，氣相色譜儀ECD的溫度均不應低于250℃，否則檢測器很難平衡。
4、氣相色譜儀封閉載氣和尾吹氣后，用堵頭封住出口，避免空氣進入。
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