高效液相色譜儀的應用范圍日益擴展。由于它使用了非破壞性檢測器，樣品被分析后，在大多情況下，可除去流動相，實現對少量珍貴樣品的回收，亦可用于樣品的純化制備。

一、分離效能高：

由于新型高效微粒固定相填料的使用，液相色譜填充柱的注銷可達5×10 3～3×10 4塊/m理論塔板數，遠遠高于氣相色譜填充柱10 3塊/m理論塔板數的柱效。

二、選擇性高

由于液相色譜柱具有高柱效，并且流動相可以控制和改善分離過程的選擇性。因此，高效液相色譜儀不僅可以分析不同類型的有機化合物及其同分異構體，還可以分析在性質上極為相似的旋光異構體，并已在高療效的合成藥物和升華藥物的生產控制分析中發揮了重要作用。

三、檢測靈敏度高

在高效液相色譜儀中使用的檢測器大多數都具有較高的靈敏度。如被廣泛使用的紫外吸收檢測器，小檢出量可達10 9 g，用于痕量分析的熒光檢測器，小檢出量可達10-12 g。

四、分析速度快

由于高壓輸液泵的使用，相對于經典液相色譜，其分析時間大大縮短，當輸液壓力增加時，流動相流速會加快，完成一個樣品的分析時間僅需幾分鐘到幾十分鐘