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液相色譜柱通常在選擇保護柱之前首先要考慮樣品是否清潔，對于大部分分析工作來說，一支25px長的保護柱便能夠提供充分的保護作用。但是，如果樣品較臟，或工作中發現經常要更換25px的保護柱，那么就應該選用50px或75px的保護柱。保護柱越長自然所裝的色譜填料就越多，則其保護性能越好，當然隨著保護柱長度的增加，樣品的保留時間也相應增加。一般來說，保護柱的內徑與分析色譜柱的內徑相同或者相當即可。
保護柱的填充方式也很重要，目前有薄膜裝填法，填裝過程簡單方便，而且可以在實驗室中進行干裝。但是，其大的缺點是不經濟，特別是針對中國的具體情況，一次性使用相對費用較高。另外，薄膜裝填法的保護柱所裝填的色譜填料有限，只能提供很有限的保護作用；不過也因為所裝填的色譜填料較少，保護柱的長度較短，所以對分析樣品的保留時間的影響也很小。
保護柱結構其實就是縮短的分析柱，設計方式上有直接式/手緊式或整體式。整體式設計是由色譜柱的生產廠商直接安裝在分析柱上，必須與分析柱一同訂貨，可以非常方便的使用，但不能改動。直接式結構設計可以在任何時候由色譜工作者來安裝連接，可以與任何品牌的色譜柱連接使用，而且可以根據不同的樣品選擇合適的保護柱長度。手緊式保護柱從結構上講是與直連式保護柱醫藥，只是在連接時不用借助扳手等工具，直接用手上緊即可。另外從保護柱結構的角度看，保護柱又分為是否可以更換保護柱的柱芯，現在大多數的保護柱均可以更換柱芯，可以降低保護柱的使用成本。
大多數色譜工作者是根據分析柱的填料來選擇保護柱的填料，正常情況下可以選擇與分析柱一樣的色譜填料。但是，根據實際的分析工作，可不必與分析色譜柱的填料*匹配。
選擇保護柱的原則是：在滿足分離分析要求的前提條件下，盡可能的選擇較短的保護柱，盡可能選擇對分離樣品保留弱的填料。
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