根本原因在于土壤微生物。
新開發土壤中的微生物是豐富多樣的，既有真菌、細菌、放線菌，也有原生動物，既有能夠幫助分解根系分泌物、分解有機質、分解有害物質、釋放土壤肥力、分泌蛋白酶、分泌抗生素等的有益微生物存在，同時也存在著喜歡在逆境情況下（厭氧、高溫、高濕、干旱等）生長，以作物為營養和食物來源的有害微生物。
優良的土壤環境孕育了大量而種類豐富的有益微生物，與此相反，有害微生物的生存環境則相對較惡劣，既有來自于土壤環境的限制，也有來自于天敵或競爭對手——有益微生物的大力打壓，生存空間極少，大多選擇休眠狀態。
隨著我們人為的干擾和破壞，如連作、不合理施用化肥和農藥以及不合理灌溉，造成土壤酸化、鹽漬化、板結、通氣性下降、重金屬污染、有機質下降等系列問題。極大限制了有益微生物的繁殖，相反，連作為有害微生物的繁殖提供了豐富的營養和寄主，土壤微生物派系逐漸發生逆轉，有害微生物逐漸占據上風，根區土壤微生物生態失衡，結果土傳病蟲害開始爆發。這就是土傳病蟲害的根本來源。