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各種類型的色譜泵有不同的操作方法。可以參照各自的操作手冊。現簡要介紹如下：
1、準備好工具和所需部件。工具包括扳手、10#木螺釘、超聲清洗粉、墊圈安裝工具、新墊圈。用水-甲醇沖洗泵，拆開進出口管道，在泵頭和單向閥上標出液流方向。
2、將柱塞桿縮至zui小，松開色譜泵泵頭的兩根收緊螺絲，小心托住泵頭。操作時要注意處處以平衡的動作慢慢退出泵頭，切不可搖動或上下左右擺動泵頭，否則柱塞桿極易折斷。退出泵頭后，柱塞桿還留在泵上。
3、用10#的木螺釘旋進就螺釘孔中輕輕撥出舊墊圈，注意不要劃破泵頭。要毫不猶豫的扔掉舊的墊圈。
4、將色譜泵泵頭和新墊圈分別放入甲醇中超聲清洗，同時用無纖維紙擦洗柱塞桿。查看柱塞桿上有無劃痕，如有劃痕則應先更換新的柱塞桿在換新的墊圈。
5、安上新墊圈。這一步要用專門的安裝工具，切不可粗心大意，避免損壞墊圈。有寫公司專門出售安墊圈的工具，有詳細的說明與圖解。選一根略粗于柱塞桿的不銹鋼桿，截成約5厘米長，一端精密磨制成與柱塞桿同粗細的、有很高光潔度的面。選一根直徑大于柱塞桿約2mm、壁厚2 mm，長約3cm，一端截面平整光滑的銅管，操作時將不銹鋼桿光滑端從墊圈無彈簧的一側輕輕插入，插至墊圈不掉下來即可。將墊圈有彈簧的一側對準泵室，再給不銹鋼桿套上銅管，用光滑的一面輕輕向泵室壓墊圈，同時抽出不銹鋼桿，繼續用拇指將墊圈壓入泵頭，加上墊圈。
6、重新裝上色譜泵泵頭。先在柱塞桿上滴幾滴甲醇以濕潤，滑動泵頭到位。千萬不能搖動或擺動，以防止柱塞桿在這一步操作時折斷。平衡地上緊固定螺絲，接上進液管道。
7、zui后，打脫氣的甲醇到泵腔中，不斷用紙巾從泵出口處吸去流動液，等無氣泡溢出時再接上輸出管道，打開泄液閥，繼續抽20ml甲醇趕走氣泡后，換成需要的流動相。
為了延長色譜泵的使用壽命和維持其輸液的穩定性，必須按照下列注意事項進行操作：
①防止任何固體微粒進入泵體，因為塵埃或其它任何雜質微粒都會磨損柱塞、密封環、缸體和單向閥，因此應預先除去流動相中的任何固體微粒。流動相在玻璃容器內蒸餾，而常用的方法是濾過，可采用Millipore濾膜(0.2m或0.45m)等濾器。色譜泵的入口都應連接砂濾棒(或片)。輸液泵的濾器應經常清洗或更換。
②流動相不應含有任何腐蝕性物質，含有緩沖液的流動相不應保留在泵內，尤其是在停泵過夜或更長時間的情況下。如果將含緩沖液的流動相留在泵內，碳硫分析儀由于蒸發或泄漏，甚至只是由于溶液的靜置，就可能析出鹽的微細晶體，這些晶體將和上述固體微粒一樣損壞密封環和柱塞等。因此，必須泵入純水將泵充分清洗后，再換成適合于色譜柱保存和有利于泵維護的溶劑。
③色譜泵工作時要留心防止溶劑瓶內的流動相被用完，否則空色譜泵運轉也會磨損柱塞、缸體或密封環，zui終產生漏液。
④輸液泵的工作壓力決不要超過規定的zui高壓力，否則會使高壓密封環變形，產生漏液。
⑤流動相應該先脫氣，以免在泵內產生氣泡，碳硫分析儀影響流量的穩定性，如果有大量氣泡，泵就無法正常工作。
如果色譜泵產生故障，須查明原因，采取相應措施排除故障：
①沒有流動相流出，又無壓力指示。原因可能是泵內有大量氣體，這時可打開泄壓閥，使泵在較大流量下運轉，將氣泡排盡，也可用一個50ml針筒在泵出口處幫助抽出氣體。色譜泵另一個可能原因是密封環磨損，需更換。
②壓力和流量不穩。原因可能是氣泡，需要排除;或者是單向閥內有異物，可卸下單向閥，浸入丙酮內超聲清洗。有時可能是砂濾棒內有氣泡，或被鹽的微細晶粒或滋生的微生物部分堵塞，這時，可卸下砂濾棒浸入流動相內超聲除氣泡，或將砂濾棒浸入稀酸內迅速除去微生物，或將鹽溶解，再立即清洗。
③色譜泵壓力過高的原因是管路被堵塞，需要清除和清洗。壓力降低的原因則可能是管路有泄漏。檢查堵塞或泄漏時應逐段進行。
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