1.菌種培養多管發酵法(MTF，Multiple－tube fermentation)
多管發酵法是根據大腸菌群能發酵乳糖產酸產氣的特征，檢測水樣中大腸菌群的方法。多管發酵的大腸菌群陽性，如果在 44.5℃的培養基上進行 24h的培養，能釋放出熒光產物而使培養基在紫外光源的照射下呈現熒光反應，此種方法即可檢測出樣本中是否含有大腸桿菌，具體步驟:取一定量水樣于乳糖蛋白胨培養液中進行初發酵實驗(推測實驗)，再進行平板分離(證實實驗)復發酵實驗鑒定(完成實驗)。根據各稀釋度發酵的管數查zui可能數(mostprobable number，MPN)表，求得每 10mL 或每升水樣中的大腸菌群數 該法方法簡單，實驗的要求和成本低，但是該方法易受其他因素的干擾而影響結果的準確性。
2.濾膜法(MF，membrane filter)
濾膜法是目前zui為流行的檢測水中大腸桿菌群的方法。菌種培養濾膜法的具體步驟是首先將一定量的水體樣本注入 0.45μm的濾膜過濾，經過抽濾，水中的細菌則被留在濾膜上，將濾膜貼于品紅亞硫酸鈉培養基上培養 24h，溫度為恒溫 37℃，這使得菌群因發酵乳糖而使得濾膜，出現紫紅色，通過計算濾膜上的菌落進而計算出單位樣 本 中 的 大 腸 桿 菌 的 數 量。張 淑 蘭 等[1]用ISO9308－1 規定的濾膜法測定水中大腸桿菌回收率均值為 94.7% ，批內變異系數小于 0% ，檢出限為500mL 水樣可檢出 1 個 CFU。該方法費用較低、原理簡單、利于推廣，但檢測時間相對較長、步驟繁瑣、干擾因素多，不適于大量樣品的分析，無法滿足污染物品快速檢測需求。
3.平板計數法(plate count)
該方法是統計物品含菌數的有效方法，操作的順序是首先將樣本進行適當稀釋，使其中的微生物充分分散成單個細胞，取定量的稀釋液進行培養使其逐漸生長成肉眼可觀察的菌落，然后通過稀釋度和樣本數量來計算菌數。但是，由于待測樣品往往不宜*分散成單個細胞，所以，長成的一個單菌落也可能來自樣品中的 2～3或更多個細胞，菌種培養因此平板菌落計數的結果往往偏低。