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　　賽默飛離子阱質譜有全掃描和選擇離子掃描功能，同時具有離子儲存技術，可以選擇任一質量離子進行碰撞解離，實現二級或多級分析功能。但離子阱的全掃描和選擇離子掃描的靈敏度是相似的。廣泛應用于蛋白質組學和藥物代謝分析。已經出現了很多離子阱質譜與其它分析儀器聯用的技術，如氣相色譜-離子阱質譜聯用儀、FTR-ITMS聯用技術。
 

　　賽默飛離子阱質譜的專有技術：

　　1、寬帶激發技術能夠生成更多的結構信息數據。

　　2、脈沖Q裂解技術保證對低質量端離子的捕獲能力。

　　3、賽默飛離子阱質譜已獲的自動增益控制保證任何掃描方式下離子阱都充滿*的離子數量。

　　4、動態排除技術保證離子強度較低的各類離子也有機會進行二級質譜和多級質譜數據采集。

　　5、規一化碰撞能技術消除離子阱質譜儀二級質譜實驗中的質量歧視效應，使不同儀器產生數據具有重現性。

　　賽默飛離子阱質譜的主要應用：

　　1、應對代謝物鑒定和確證，可自動查找到所有可能的代謝物。

　　2、應對蛋白質組學和生物標記問題，ETD解離技術使賽默飛離子阱質譜成為蛋白質組學研究更強大的分析工具。

　　3、是實現此技術的zui儀器。ETD與CID互為補充，提高蛋白序列覆蓋率；保護不穩定PTM翻譯后修飾基團，簡化數據分析；單次進樣自動啟動CID和ETD。

　　4、母離子智能選擇：自動數據依賴多級質譜采集技術不僅能為用戶提供預測代謝物結構信息，也能提供提供未預測的代謝物結構信息。此外，使用自動固定中性丟失數據依賴性掃描觸發三級質譜掃描能檢測某一類的代謝物。使用MetWorks和MassFrontier分析軟件增強復雜基質鐘代謝物篩選和鑒別功能，使譜圖解析更加簡便。

　　5、賽默飛離子阱質譜可配置ETD裂解源，ETD能夠為線性離子阱提供類似ECD的裂解碎片，在生成大量肽段碎片的同時，保護不穩定的PTM翻譯后修飾集團，例如磷酸化翻譯后修飾。ETD功能與賽默飛世爾線性離子阱的高離子儲存量相結合，是蛋白質和肽類分析的新型有效工具。