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在這篇工作中，我們采用內(nèi)標摻入 SILAC 的定量方法對大鼠胰島進行了蛋白質(zhì)組以及磷酸化蛋白質(zhì)組的定量研究。通過對 SILAC 培養(yǎng)基的成分比例調(diào)整，我們優(yōu)化了 INS-1E 細胞的標記方法。胰島內(nèi)包含多種細胞類型，如α細胞，β細胞，δ細胞等，我們發(fā)現(xiàn)采用 INS-1E 細胞系（一種β細胞系）已經(jīng)可以較好的覆蓋胰島的全蛋白質(zhì)組和磷酸化蛋白質(zhì)組。若關(guān)心胰島中的α細胞的話，則可以標記α細胞系來作為內(nèi)標摻入胰島。此外，我們還可以采用多種細胞系作為內(nèi)標，這種稱為“Super SILAC”的方法來完成對復雜組織蛋白質(zhì)的全覆蓋。

在磷酸化蛋白質(zhì)組學流程中，我們采用了自制的基于StageTip 的TiO2萃取小柱來靈活的實現(xiàn)小量樣品的磷酸化肽段富集。樣品量始終是磷酸化以及其他一些翻譯后修飾研究繞不過去的話題，一般來說只有增加樣品量，并采取適當?shù)念A分級手段才能更深度的去覆蓋這些翻譯后修飾蛋白質(zhì)組。ThermoFisher 也提供了商業(yè)化的 IMAC 試劑盒（Cat # 88300），鑒于 IMAC 和 TiO2 對磷酸化肽段富集有著較好的互補性，這兩者聯(lián)用會對磷酸化蛋白質(zhì)組的深度覆蓋達到更好的效果。