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(1) 霉菌培養箱應由專人負責管理，操作盤上的任何開關和調節旋扭一旦固定后，不要隨意扭動，以免影響箱內溫度，CO2、濕度的波動，同時降低機器的靈敏度。
(2)如長期不使用二氧化碳時，應將CO2開關關閉，防止CO2調節器失靈。
(3)所使用的CO2必須的純凈的，否則降低CO2傳感器的靈敏度和污染CO2過濾裝置。
(4)在無濕度控制的培養箱內，為保持箱內CO2的穩定，要在箱內底層放入一個盛水的容器。另外還有一種三氣培養箱，該培養箱是在二氧化碳培養箱的基礎上進一步改進的新產品。其原理同其它培養箱一樣，特點在于不僅可加入CO2，還可加入氮氣和氧氣，并全部由電腦控制和調節各種不同氣體的含量。主要用于一些特殊微生物的繁殖和培養。
(5)所加入的水必須是蒸餾水或無離子水，防止礦物質儲積在水箱內產生腐蝕作用。每年必須換一次。