IC50是一種測量化合物抑制生物學活性的常用方法,藥物研發中的應用尤其廣泛。IC50代表半最大抑制濃度,即一種化合物抑制特定生物學反應的能力,使其活性降低50%的濃度。這種生物學活性可以是酶的活性、受體的信號傳導、細胞增殖或其他生物學效應。
IC50的測定通常通過在不同濃度的化合物溶液中進行生物學實驗來完成。通過測量生物學效應的變化(例如酶活性或細胞生存率)并繪制濃度-響應曲線,可以確定IC50值。通常,IC50值越低,即化合物對生物學目標的抑制作用越強。
IC50在藥物研發中具有多種應用。首先,它可以用來評估化合物對特定靶標的親和力和選擇性。較低的IC50值通常表示化合物對靶標具有較高的親和力。其次,IC50還可以用來評估化合物的藥理學效應,如藥物對疾病相關酶的抑制作用。此外,IC50值還可以用來比較不同化合物之間的活性,以便進行藥物篩選和優化。
盡管IC50的應用十分廣泛,但是我們在自己的IC50測試過程中經常遇到測試結果與報道結果不一致的情況。實際上,IC50的差異是廣泛存在的。
如,Pexidartinib vs CSF1R檢測中,最常被報道的IC50值是20nM,但是其他的測試結果也同樣被報道:
1.7 nM (doi.org/10.1016/j.bmcl.2022.128928)
2.7nM (doi.org/10.1016/j.cbi.2022.110255)
9.7nM (doi.org/10.1021/acs.jmedchem.3c00428)
文獻中的測試方法是不一樣的,以上的測試結果分別使用了分光光度法, Z-LYTE檢測和LANCE TR-FRET檢測。20nM的測試數值很可能是Plexxikon最先報道出來的,通過ChEMBL數據庫查詢,并沒有給出詳細的出處和測試方法。不同的測試方法所獲得的IC50的數值是不一樣的,甚至是數量級上的差別。
U0126 vs MKK1的IC50測試中,使用的截短的、構成活性的重組MKK1結構域,其IC50約為70 nM,使用細胞中分離的全長內源活化的野生型MKK1,其IC50約為500 nM。酶的結構,甚至翻譯后修飾、氧化還原狀態或部分降解產物同樣會對IC50的測試結果產生極大影響。
下圖分別顯示底物濃度[S]、酶濃度[E] 對standard competitive, uncompetitive和non-competitive抑制中IC50檢測的不同的影響。對更多的抑制類型的影響請參考原文。
此外,緩沖成分、pH值和離子強度也同樣對IC50的檢測有著不可預知的影響。
由于IC50數值的影響因素眾多,自己實驗室的IC50檢測值很難與報道或其他實驗室的IC50檢測值進行直接比較。
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