無標(biāo)記定量蛋白質(zhì)組學(xué)指南：從實(shí)驗(yàn)到數(shù)據(jù)分析檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)（Label-Free Quantitative Proteomics, LFQ）作為現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)研究的重要工具，因其無需額外標(biāo)記、樣本處理簡便、數(shù)據(jù)量豐富而廣泛應(yīng)用于疾病機(jī)制探索、藥物靶點(diǎn)篩選及生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)等領(lǐng)域。通過高分辨質(zhì)譜結(jié)合jīngquè的數(shù)據(jù)分析，LFQ能夠?qū)崿F(xiàn)對不同生物樣本中dànbáizhì表達(dá)水平的系統(tǒng)性比較。本文將系統(tǒng)梳理無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)的實(shí)驗(yàn)流程、關(guān)鍵技術(shù)要點(diǎn)以及數(shù)據(jù)分析策略，助力科研人員高效設(shè)計和執(zhí)行LFQ項(xiàng)目。

百泰派克生物科技結(jié)合Orbitrap Exploris系列高分辨質(zhì)譜儀與自主優(yōu)化的數(shù)據(jù)處理流程，提供一站式無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力全球科研客戶獲取可靠、可重復(fù)的深度dànbáizhì組數(shù)據(jù)。

一、無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)概述

無標(biāo)記定量方法主要通過測量肽段的質(zhì)譜信號強(qiáng)度（MS1級）或譜圖數(shù)量（MS/MS級）來推斷dànbáizhì豐度。相較于同位素標(biāo)記（如SILAC、TMT）技術(shù)，LFQ具有實(shí)驗(yàn)靈活性高、適配樣本類型廣泛、成本相對低廉等優(yōu)勢，尤其適用于大規(guī)模臨床樣本隊(duì)列研究。

核心技術(shù)路徑：

（1）基于MS1信號強(qiáng)度：通過檢測肽段峰面積進(jìn)行定量，代表性軟件如MaxQuant、Proteome Discoverer。

（2）基于MS/MS譜圖數(shù)量（Spectral Counting）：通過統(tǒng)計特定dànbáizhì對應(yīng)的碎片譜數(shù)量推測其豐度，多用于初步篩查。

二、樣本制備：數(shù)據(jù)質(zhì)量的dìyī道關(guān)口

1、樣本類型與預(yù)處理

常見的LFQ樣本包括細(xì)胞、組織、血清、血漿及其他體液。不同樣本類型對蛋白提取方法有特定要求：

（1）細(xì)胞/組織樣本：建議采用機(jī)械勻漿結(jié)合裂解液（含變性劑、還原劑及蛋白酶抑制劑）處理。

（2）血清/血漿樣本：需先去除高豐度蛋白（如白蛋白、免疫球蛋白）以提升中低豐度蛋白的檢測深度。

2、dànbáizhì提取與酶解

蛋白提取后需進(jìn)行定量檢測（如BCA法），確保每個樣本加載蛋白量一致。隨后，采用yídànbáiméi（Trypsin）按適當(dāng)酶對底物比例（常見為1:50或1:100）進(jìn)行充分酶解，確保肽段生成均勻。

3、純化與分級

為了降低樣本復(fù)雜度、提升低豐度蛋白檢出率，通常推薦進(jìn)行肽段脫鹽（如C18柱純化）及高pH反相液相色譜分級。

三、質(zhì)譜檢測：無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)的核心

1、儀器選擇與參數(shù)優(yōu)化

百泰派克生物科技采用高分辨率、高靈敏度的Orbitrap Exploris 480質(zhì)譜儀，結(jié)合納升級液相色譜（nanoLC）系統(tǒng)，實(shí)現(xiàn)對復(fù)雜樣本中低豐度蛋白的jīngzhǔn檢測。

關(guān)鍵參數(shù)優(yōu)化示例：

（1）MS1分辨率：>= 60,000 @ m/z 200，提升峰識別精度

（2）數(shù)據(jù)采集模式：DDA（Data Dependent Acquisition）或DIA（Data Independent Acquisition）

（3）TopN設(shè)定：根據(jù)樣本復(fù)雜度調(diào)整（如Top20或Top30）以優(yōu)化掃描速度與覆蓋率

內(nèi)部質(zhì)控措施：

（1）引入iRT標(biāo)準(zhǔn)肽用于保留時間校準(zhǔn)

（2）每批次穿插QC樣本，實(shí)時監(jiān)控質(zhì)譜性能穩(wěn)定性

四、數(shù)據(jù)分析流程：從原始數(shù)據(jù)到生物學(xué)洞見

1、原始數(shù)據(jù)處理

（1）峰提取與肽段識別：利用MaxQuant、Proteome Discoverer等軟件進(jìn)行。

（2）dànbáizhì鑒定與定量：基于FASTA數(shù)據(jù)庫檢索，控制1%FDR（False Discovery Rate）保證鑒定質(zhì)量。

2、數(shù)據(jù)歸一化與缺失值處理

（1）歸一化：如基于總離子流（Total Ion Current, TIC）或中位數(shù)歸一化，消除樣本間技術(shù)偏差。

（2）缺失值填充：區(qū)分隨機(jī)缺失（MAR）與非隨機(jī)缺失（MNAR），采用適當(dāng)?shù)牟逖a(bǔ)策略，如小值替代或kNN算法。

3、差異蛋白篩選標(biāo)準(zhǔn)

通常設(shè)置如下篩選條件：

• Fold Change（FC）>1.5或<0.67

• 調(diào)整后p值（Benjamini-Hochberg校正）<0.05

4、功能富集與通路分析

通過GO（Gene Ontology）、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行差異蛋白功能注釋與通路富集分析，揭示潛在的生物學(xué)機(jī)制。

百泰派克生物科技無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)服務(wù)優(yōu)勢

• *平臺：搭載Orbitrap Exploris 480、Fusion Lumos等旗艦質(zhì)譜系統(tǒng)

• 標(biāo)準(zhǔn)化流程：從樣本制備到數(shù)據(jù)分析，遵循嚴(yán)格QC體系

• 定制化分析：支持DDA、DIA及混合采集策略，滿足不同研究需求

• 深度挖掘：提供差異蛋白篩選、PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、生物標(biāo)志物預(yù)測等增值分析服務(wù)

無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)以其高靈敏度、廣覆蓋、操作簡便等優(yōu)勢，正在生命科學(xué)研究與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)領(lǐng)域展現(xiàn)巨大潛力。規(guī)范的實(shí)驗(yàn)設(shè)計與高效的數(shù)據(jù)處理是確保LFQ研究成功的關(guān)鍵。百泰派克生物科技致力于為科研人員提供高質(zhì)量、全流程的dànbáizhì組學(xué)解決方案，助力每一次科學(xué)探索邁向更高的精度與深度。若您有無標(biāo)記定量dànbáizhì組學(xué)相關(guān)項(xiàng)目需求，huānyíngfǎngwèn百泰派克生物科技或聯(lián)系我們的zhuānyè團(tuán)隊(duì)，開啟您的高質(zhì)量科研之旅！

百泰派克生物科技特色項(xiàng)目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進(jìn)行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進(jìn)行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實(shí)現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達(dá) 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、dànbáizhì組學(xué)

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量dànbáizhì組學(xué)、靶向dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種dànbáizhì組學(xué)分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4Ddànbáizhì組學(xué)服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實(shí)驗(yàn)分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細(xì)胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實(shí)驗(yàn)結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準(zhǔn)確。

三、單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進(jìn)行單細(xì)胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細(xì)胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細(xì)胞原理分離單個細(xì)胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細(xì)胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細(xì)胞表面和內(nèi)部的信號分子表達(dá)量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)*，填補(bǔ)技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細(xì)胞層面上對多種指標(biāo)同時進(jìn)行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細(xì)胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細(xì)胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細(xì)胞，實(shí)現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細(xì)胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細(xì)胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機(jī)制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細(xì)胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細(xì)胞存活率、細(xì)胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達(dá)量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實(shí)現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進(jìn)行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進(jìn)行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項(xiàng)目驗(yàn)證等zhuānyè服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認(rèn)證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實(shí)驗(yàn)室認(rèn)可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋dànbáizhì組學(xué)、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細(xì)胞分析、單細(xì)胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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