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原子吸收光譜儀的吸收方式主要涉及到原子對光的吸收現象。具體來說，當光源輻射出具有待測元素特征譜線的光通過原子化器時，試樣蒸氣中的待測元素基態原子會吸收這些特征譜線。原子化器內沒有進樣時，光通過原子化器沒有被吸收，透光率為100%。而當原子化器進樣時，光通過原子化器時有一部分被吸收，透光率減小。根據朗伯-比爾定律，吸光度與樣品濃度成正比，因此通過測定特征輻射被吸收的大小，就可以求出被測元素的含量。

此外，原子吸收光譜儀的吸收方式還可以根據使用的原子化器類型進行分類。主要有火焰原子吸收光譜法和石墨爐原子吸收光譜法。火焰原子吸收光譜法使用火焰作為原子化器，通過氣體燃燒使樣品原子化。而石墨爐原子吸收光譜法則利用石墨管產生的高溫使樣品原子化。這兩種方法各有其特點，適用于不同元素的測定。