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激光顯微鏡的優勢
激光顯微鏡與傳統寬場顯微鏡相比，具有高清晰度、高分辨率、高靈敏度等特點，在生物醫學領域應用廣泛，成為了該領域重要的成像工具。為什么共聚焦能得到如此多的寵愛，它又有哪些優勢呢？本文列舉了三方面來論述共聚焦的優勢。
只收集焦平面上的信號，使圖像由模糊變清晰
樣品比較厚的時候，普通寬場熒光顯微鏡只能夠觀察到整體的樣品結構，而共聚焦顯微鏡卻可以展現樣品輪廓及內部結構。
那么共聚焦顯微鏡是如何實現這一優勢的呢？這就要歸功于共聚焦的關鍵硬件—針孔（pinhole），如圖二所示，它是檢測器前面的一個小孔，放置在與樣品焦面共軛的光學平面上。當激發光照射樣品時，焦面和非焦平面上的樣品區域都會被激發而產生熒光信號，調節合適的針孔大?。ㄍǔ? Au），使焦面上的熒光信號（綠色虛線）可以通過針孔到達檢測器，而非焦平面的熒光信號（紅色和藍色虛線）不能通過針孔到達檢測器。通過增加硬件針孔，使共聚焦在不改變普通熒光顯微鏡的制片方法的前提下，得到了清晰的高質量圖像。
可連續獲取不同焦平面的信號，實現三維重組
由于針孔的存在，我們能夠只獲取到焦平面上的信號，得到高分辨率的二維圖像。連續調節Z軸位置，就能夠得到不同Z軸位置的二維圖像，獲得一系列連續的“光學切片"圖像。獲得這些光學切片后，可使用儀器軟件配備的3D模塊進行三維圖像的重組，構建出清晰的3D圖像。這種無損傷的、連續的光學切片圖像的采集，實現了“細胞CT"的功能。
應用于共定位(Co-localization)研究
共定位結果的精準度與圖像的分辨率密切相關，所以我們在進行共定位實驗時需要選擇更高分辨率的成像方式。共聚焦顯微鏡相比于傳統顯微鏡以其高分辨率的優勢，成為共定位研究的得力工具。
由于衍射極限的存在，激光顯微鏡常規共聚焦光學分辨率在200nm左右，當我們需要觀察大于200nm的結構時，共聚焦就能夠準確判斷其共定位程度。如果需要進行共定位分析，可以選用共聚焦軟件中配備的共定位分析模塊。