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消毒是指殺死微生物的物理或化學手段，但不一定殺死其孢子。滅菌是指殺死所有微生物，當培養箱內細胞受到污染時則需要采取滅菌措施。一般，在培養箱內細胞沒有污染的情況下平均1-3個月消毒一次。的3種消毒滅菌的方式是：液體消毒劑、紫外和加熱。
　　①液體消毒劑：選擇對培養箱無腐蝕性的液體消毒劑，并且液體消毒劑的消毒效果好壞和很多因素有關。比如：場所的溫度、接觸時間、pH、穿透能力、有機物的反應。這些因素中的一些很小的變化可能會造成去污劑的效力上大的不同。因此甚至在很有利的情況下，當最終要求必須無菌時，液體去污劑也可信賴的去污方法。
　　②紫外消毒：一般先用蒸餾水清洗干凈后，再用培養箱自帶的紫外燈照射一天或者用手提式的紫外燈照射。因被遮擋時或距離遠時都會削弱紫外滅菌的效果，紫外滅菌方式較為簡單。
　　③加熱：濕熱和干熱被認為是殺菌的方法。在一般環境下，高壓滅菌器加熱到121℃快速產生蒸汽是的方法，但是二氧化碳培養箱無法進行高溫高壓滅菌，只能退而求其次進行90℃濕熱滅菌，但90℃因為溫度過低，起不到100℃以上水蒸汽所帶來的滲透性和高壓力效果，所以滅菌效果也大打折扣.而干熱140℃-180℃，可以起到滅菌的作用。